当公诉机关指控的犯罪主体实际上不构成犯罪时，法院会依据事实和法律进行公正处理，核心结论是法院会判决宣告无罪或终止审理，具体分以下两种情况说明：

1. 经审理认定不构成犯罪的，法院会判决宣告无罪
   根据《刑事诉讼法》第200条，法院经过审理后，若认为公诉机关指控的犯罪事实清楚，证据确实、充分，但被告人不构成犯罪（如主体不适格、行为不违法、缺乏主观故意等），会直接判决“被告人无罪”。例如，若指控某公司构成污染环境罪，但该公司实际未实施排污行为，或排污行为未达到刑事立案标准，法院会依法宣告无罪。

2. 若案件存在法定终止情形（如主体已死亡、超过追诉时效等），法院会裁定终止审理
   根据《刑事诉讼法》第16条，若案件在审理过程中发现被告人已死亡、犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚等法定情形，法院会裁定终止审理。例如，若指控某自然人犯罪，但审理中发现该人已死亡，法院会终止审理，不再对实体问题作出判决。

补充说明：

• 法院的判决或裁定需严格依据证据和法律，若公诉机关指控的犯罪主体不成立，法院不会因“社会影响”或“舆论压力”勉强定罪。
  
• 被告人及其辩护人有权在庭审中提出无罪辩护意见，并提交证据证明主体不适格或行为不构成犯罪，法院会依法审查并作出公正裁决。
  

若您遇到类似案件或需要进一步分析具体案情，可直接向我咨询，我会结合证据和法律为您详细解答。