核心结论：在保险公司商业险拒赔的情况下，剩余部分的赔付责任通常由肇事方直接向第三方承担，而非肇事方先赔付给保险公司再由保险公司转付第三方。
详细分析：
- 保险合同关系与赔付顺序：商业险是肇事方与保险公司之间基于保险合同建立的保障关系。当发生保险事故时，保险公司根据合同约定承担赔付责任。若保险公司拒赔，意味着其认为该事故不属于保险责任范围或存在免责情形，此时保险合同下的赔付流程中断。
- 肇事方的直接责任：根据《中华人民共和国民法典》侵权责任编的规定，肇事方因过错造成他人损害的，应承担侵权责任。这种责任是直接的、法定的，不依赖于保险公司的赔付。因此，在保险公司拒赔后，肇事方需直接向第三方履行赔偿义务。
- 保险公司拒赔后的法律后果：若肇事方认为保险公司拒赔不合理，可通过法律途径（如诉讼或仲裁）主张保险合同权利，要求保险公司承担赔付责任。但这一过程与肇事方对第三方的赔偿义务是独立的。即肇事方不能以保险公司拒赔为由拒绝或延迟向第三方赔偿。
- 特殊情况处理：若肇事方与第三方在事故发生后达成赔偿协议，并约定由保险公司直接赔付第三方（如通过“直赔”服务），但保险公司拒赔的，肇事方仍需按协议约定向第三方履行赔偿义务。此后，肇事方可依据协议向保险公司追偿或通过法律途径解决争议。
建议与注意事项：
- 保留证据：肇事方应妥善保管与事故相关的所有证据（如事故认定书、医疗记录、维修发票等），以便在保险公司拒赔或与第三方协商赔偿时提供有力支持。
- 及时沟通：肇事方应与第三方保持沟通，明确赔偿金额和支付方式，避免因沟通不畅导致纠纷升级。
- 法律途径：若肇事方与保险公司或第三方就赔偿问题无法达成一致，可寻求法律帮助，通过诉讼或仲裁等方式解决争议。
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