结论：员工偷卖配件被公安认定为职务侵占，退回部分款项的情况下，是否需要缴纳增值税，需根据具体情况判断，若该销售行为被认定为正常的销售行为，则需要缴纳增值税；若被认定为非正常销售或违法行为，则可能不需要缴纳或面临其他税务处理。以下从不同角度详细分析：
一、职务侵占与增值税缴纳的基本关系
职务侵占是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。增值税则是对销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人就其实现的增值额征收的一个税种。在正常情况下，销售货物需要缴纳增值税，但职务侵占行为本身并不直接决定增值税的缴纳与否，关键在于该销售行为是否被税务机关认定为正常的销售行为。
二、正常销售行为下的增值税缴纳
销售行为认定：
- 如果员工偷卖的配件被税务机关认定为正常的销售行为，即该销售行为符合市场交易规则，有合法的销售合同、发票等凭证，且销售价格合理，那么该销售行为就需要缴纳增值税。
增值税计算：
- 增值税的计算公式为：应纳税额 = 销项税额 - 进项税额。其中，销项税额 = 销售额 × 税率（根据配件的种类和税率规定确定）。进项税额则是购买配件时支付的增值税额。
- 在此情况下，即使员工退回了部分款项，也不影响增值税的计算和缴纳。因为增值税是基于销售行为本身来计算的，与款项的退回无关。
三、非正常销售行为下的税务处理
非正常销售行为认定：
- 如果员工偷卖的配件被税务机关认定为非正常销售行为，如无合法销售合同、发票等凭证，或销售价格明显偏低且无正当理由，那么该销售行为可能不被视为正常的增值税应税行为。
税务处理：
- 在此情况下，税务机关可能不会对该销售行为征收增值税，或者会要求企业进行相应的税务调整。同时，如果该行为被认定为违法行为，如偷税、逃税等，还可能面临税务处罚。
四、退回款项对税务处理的影响
款项退回与税务关系：
- 员工退回部分款项，并不改变销售行为本身的性质。即，无论款项是否退回，如果销售行为被认定为正常的销售行为，就需要缴纳增值税；如果被认定为非正常销售行为，则可能不需要缴纳或面临其他税务处理。
税务调整可能性：
- 如果员工退回的款项影响了销售收入的确认，企业可能需要根据实际情况进行税务调整。但这种调整通常是在企业所得税层面进行的，与增值税的缴纳无直接关系。
五、建议与风险提示
合规建议：
- 企业应加强内部管理，防止员工利用职务之便进行非法销售行为。同时，应建立健全的财务和税务管理制度，确保销售行为的合法性和合规性。
风险提示：
- 如果员工偷卖配件的行为被认定为职务侵占，企业不仅可能面临经济损失，还可能因员工的违法行为而承担连带责任。此外，如果税务机关认定该销售行为存在税务问题，企业还可能面临税务处罚和声誉损失。
总结：员工偷卖配件被公安认定为职务侵占，退回部分款项的情况下，是否需要缴纳增值税取决于销售行为是否被税务机关认定为正常的销售行为。企业应加强内部管理，确保销售行为的合法性和合规性，以避免潜在的税务和法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。