结论：保险公司是否赔偿需分情况讨论，主要取决于保险合同的具体条款、保险类型以及员工杀人行为是否属于保险责任范围和免责情形。以下为具体分析：
保险类型与责任范围
- 雇主责任险：若渔船为员工投保了雇主责任险，该保险通常覆盖员工在从事与工作相关活动时因过失或意外导致第三方人身伤害或财产损失的情况。然而，员工故意杀人行为一般被视为故意犯罪，不属于过失或意外范畴，因此保险公司通常不会赔偿。但需注意，若保险合同中有特别约定，将故意行为纳入保障范围（这种情况极为罕见），则可能按约定赔偿。
- 船舶保险（含船员责任）：若渔船投保了船舶保险，且该保险包含船员责任条款，需仔细审查条款内容。船员责任条款可能仅覆盖船员在执行职务过程中的过失行为，故意犯罪行为通常被排除在外。
- 其他相关保险：如渔船还投保了其他类型的保险（如综合责任险），需同样审查保险合同中关于故意行为、犯罪行为等免责条款的规定。
保险合同中的免责条款
- 保险公司通常会在保险合同中明确列出免责情形，包括但不限于被保险人的故意行为、犯罪行为等。若员工杀人行为被认定为故意犯罪，且该行为属于保险合同中的免责情形，则保险公司有权拒绝赔偿。
法律与司法实践
- 根据《中华人民共和国保险法》及相关司法解释，保险公司对免责条款负有提示和明确说明义务。若保险公司未履行该义务，免责条款可能不产生效力。但在此类案件中，员工故意杀人行为通常被视为严重违法犯罪，法院在判决时可能会倾向于保护公共利益和社会秩序，对保险公司的免责主张给予支持。
实际操作建议
- 审查保险合同：渔船雇主应仔细审查与保险公司签订的保险合同，特别是关于保险责任范围和免责条款的部分。
- 咨询专业律师：若对保险合同条款或保险公司拒赔决定有异议，建议及时咨询专业律师，了解自身权益和可能的救济途径。
- 加强安全管理：渔船雇主应加强船员管理，定期进行安全教育和法律培训，预防类似事件的发生。
总结：保险公司是否赔偿渔船员工杀人行为导致的损失，主要取决于保险合同的具体条款和保险类型。在大多数情况下，员工故意杀人行为属于保险合同的免责情形，保险公司不会赔偿。但具体案件需结合保险合同内容、法律规定及司法实践进行综合判断。如有疑问或需要进一步帮助，请随时向我咨询。