结论：在“住改商”已取得营业执照但邻居不同意的情况下，您需要综合考虑法律法规、邻里关系及实际可行性，采取合理合法的步骤来解决问题。以下是从不同角度为您提供的详细分析和建议。
一、法律前提与规定
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第二百七十九条，业主不得违反法律、法规及管理规约，将住宅改变为经营性用房。若需进行此类变更，必须经有利害关系的业主一致同意。这里的“有利害关系的业主”主要指同一栋建筑物内的其他业主，尤其是直接相邻的业主。
法律后果：
- 若未经有利害关系的业主一致同意而擅自“住改商”，可能面临整改、恢复原状或承担法律责任的风险。
二、沟通协商与调解
直接沟通：
- 主动交流：首先，尝试与反对的邻居进行面对面沟通，了解其担忧的具体原因，如噪音、安全、卫生等问题。
- 提出解决方案：针对邻居的顾虑，提出具体可行的缓解措施，如加强隔音处理、限制营业时间、保持公共区域清洁等，以争取邻居的理解和支持。
第三方调解：
- 物业介入：请物业管理公司协助调解，利用其熟悉小区情况的优势，促进双方和解。
- 居委会/社区调解：若物业调解无果，可向居委会或社区求助，利用其权威性和公信力提出调解方案，帮助双方达成共识。
三、依法依规操作与应对
了解工商登记要求：
- 在进行“住改商”前，您已向工商行政管理部门咨询并了解相关登记要求，确保符合所有法定条件。若邻居的反对基于误解或不了解相关情况，可向其解释并展示相关证明文件。
规划用途变更申请（如适用）：
- 若您已向当地规划部门提交变更规划用途的申请，但邻居的反对可能影响审批进程。此时，您需要积极与规划部门沟通，说明情况并争取支持。
- 若无法满足变更条件，应考虑调整计划或放弃“住改商”，以避免不必要的法律纠纷。
法律诉讼（作为最后手段）：
- 在穷尽所有协商和行政手段后，若仍无法取得邻居同意且认为自身行为合法合规，可考虑向人民法院提起诉讼。
- 诉讼时需提供充分证据证明“住改商”行为的合法性及对邻居生活无实质性影响，如营业执照、审批文件、隔音检测报告等。
四、预防与规避风险
购房/租房时明确用途：
- 在购房或租房之初即应明确房屋的使用性质和用途，避免后续因改变用途而产生的纠纷。
遵守规定与约定：
- 严格遵守相关法律法规、管理规约及合同约定，不擅自改变房屋使用性质。若需变更，应提前与所有有利害关系的业主沟通并取得一致同意。
五、实际操作建议
- 保持理性与尊重：在整个过程中，保持理性、尊重和合作的态度是解决问题的关键。避免与邻居发生冲突或激化矛盾。
- 寻求专业支持：若问题复杂或难以解决，可考虑咨询专业律师或相关机构以获取更具体的法律建议和支持。不过，既然您已经向我咨询，我会尽力为您提供全面的法律帮助。
总结：面对“住改商”已取得营业执照但邻居不同意的情况，您应首先明确法律前提与规定，通过积极有效的沟通协商寻求共识；同时依法依规进行操作并应对可能的挑战；最后，注重预防与规避风险以避免不必要的法律纠纷。在整个过程中，保持理性、尊重和合作的态度是至关重要的。如果您有任何进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请随时向我咨询。