关于跨月请假全勤是否要扣掉两个月的问题，这主要取决于公司的具体规章制度以及劳动合同中的相关约定，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
公司规章制度：
- 许多公司会在其规章制度中明确规定全勤奖金的发放条件和扣除标准。如果公司的规章制度中明确规定了跨月请假将影响两个月的全勤奖金，那么公司按照此规定执行是合法的。
- 然而，如果公司的规章制度中没有明确规定，或者规定与劳动合同中的约定相冲突，那么公司不能单方面决定扣除两个月的全勤奖金。
劳动合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确规定了全勤奖金的发放条件和扣除标准，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应当按照劳动合同的约定执行。
- 如果劳动合同中没有相关约定，或者约定不明确，那么公司不能随意扣除劳动者的全勤奖金。
法律法规依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。全勤奖金作为劳动报酬的一部分，也应当受到法律的保护。
- 如果公司无正当理由扣除劳动者的全勤奖金，劳动者有权向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
建议：
- 如果你对公司的全勤奖金扣除规定有疑问，首先应当查阅公司的规章制度和劳动合同中的相关约定。
- 如果发现公司的规定与劳动合同中的约定相冲突，或者公司无正当理由扣除你的全勤奖金，你可以与公司进行协商，要求公司按照劳动合同的约定执行。
- 如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，寻求法律帮助。
总结：跨月请假全勤是否要扣掉两个月，取决于公司的规章制度和劳动合同中的相关约定。如果公司有明确规定且不违反法律法规，那么按照规定执行；如果没有规定或者规定不明确，公司不能随意扣除。如有疑问或争议，建议及时咨询专业律师或向劳动监察部门投诉申请劳动仲裁。