核心结论：继承人需先梳理借款事实与证据，明确股东生前是否应缴纳个人所得税及公司是否已履行代扣代缴义务，再根据不同情况采取相应措施，包括补缴税款、与税务机关沟通、处理遗产分配等。以下是具体分析：

一、明确股东生前借款及纳税情况

1. 梳理借款事实与证据 继承人首先要全面梳理股东生前从公司借款的相关事实，包括借款的时间、金额、用途、借款协议（如有）等。收集能够证明借款关系的证据，如借条、转账记录、公司财务记录等。这些证据对于后续确定股东是否应缴纳个人所得税以及如何处理至关重要。
2. 确定股东是否应缴纳个人所得税 根据个人所得税法及相关规定，个人股东从公司借款，在纳税年度内既未归还又未用于企业生产经营的，其未归还的借款可视为企业对个人投资者的红利分配，依照“利息、股息、红利所得”项目计征个人所得税。继承人需要判断股东生前的借款是否符合这一应税情形。
3. 了解公司是否已履行代扣代缴义务 公司作为支付方，有义务在向股东支付借款（若构成应税所得）时代扣代缴个人所得税。继承人应向公司了解是否已经履行了这一义务，若未履行，公司可能面临税务机关的处罚，同时也会影响股东遗产的税务处理。

二、根据不同情况采取相应措施

1. 若股东借款应纳税且公司未代扣代缴
   • 补缴税款及滞纳金：继承人作为股东遗产的承受人，有义务在遗产范围内承担股东应缴纳的个人所得税及可能产生的滞纳金。继承人应主动与税务机关沟通，了解具体的补缴金额和程序，及时补缴税款，以避免进一步的法律风险和处罚。
   • 与公司协商处理：与公司协商，明确双方在借款及纳税问题上的责任和义务。如果公司存在过错导致未代扣代缴税款，继承人可以要求公司承担相应的责任，如协助补缴税款、提供相关证明材料等。
   • 处理遗产分配：在补缴税款后，继承人可以按照法定继承或遗嘱继承的规定，对股东的遗产进行分配。在分配过程中，应将已补缴的税款作为债务从遗产中扣除，确保遗产分配的公平性和合法性。
2. 若股东借款不应纳税或已纳税
   • 核实纳税情况：继承人应要求公司提供相关的纳税证明，核实股东借款是否已经依法缴纳了个人所得税。如果已经纳税，继承人可以保留相关证明材料，以备后续需要。
   • 正常处理遗产分配：在确认股东借款的税务问题已经妥善处理后，继承人可以按照法定程序对股东的遗产进行分配。在分配过程中，应遵循公平、公正、公开的原则，确保各继承人的合法权益得到保障。

三、注意事项

1. 及时与税务机关沟通：在整个处理过程中，继承人应及时与当地税务机关沟通，了解相关政策和规定，按照税务机关的要求提供相关材料和信息，积极配合税务机关的工作。
2. 保留相关证据和文件：继承人应妥善保留与股东借款、纳税及遗产分配相关的所有证据和文件，如借款协议、转账记录、纳税证明、遗产清单等。这些证据和文件在后续可能出现的纠纷中具有重要的证明作用。
3. 寻求专业法律帮助：由于涉及税务和遗产继承等复杂的法律问题，继承人可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的合法权益得到充分保障。律师可以根据具体情况为继承人提供法律建议和指导，协助继承人处理相关事务。