代理人恶意串通的合同是无效的。下面我将从法律规定、构成要件、法律后果以及实际操作建议等多个角度，为您详细解析这一问题。
一、法律规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百五十四条的明确规定：“行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。”这一条款直接确立了恶意串通行为的无效性。在代理关系中，如果代理人与相对人存在恶意串通的行为，同样适用此规定，即该代理行为自始无效。
二、构成要件
恶意串通的合同或代理行为要满足以下条件才会被认定无效：
主观恶意：代理人与相对人都明知其行为会损害他人的合法权益，却仍然希望或者放任这种结果的发生。例如，双方明知低价交易会损害被代理人的利益，却为了私利而达成交易。
串通行为：双方在主观上有共同的意思联络，客观上有协同一致的行为。这包括私下达成协议、给予好处以促使代理人在代理过程中按照相对人的要求行事等。
损害他人权益：该合同或代理行为必须实际损害了被代理人或其他第三人的合法权益，包括现实利益的损失和可得利益的丧失。
三、法律后果
一旦合同或代理行为被认定为恶意串通而无效，将产生以下法律后果：
自始无效：该合同或代理行为从一开始就不具有法律效力，双方依据该合同或代理行为取得的财产应予以返还；不能返还或无需返还的，应折价补偿。
承担赔偿责任：有过错的一方应赔偿对方因此遭受的损失；双方都有过错的，应各自承担相应责任。在代理关系中，代理人和相对人因恶意串通损害被代理人利益的，需共同承担连带责任。
行政处罚等其他法律责任：若恶意串通行为损害了国家、集体或第三人利益，还可能面临行政处罚等其他法律责任。
四、实际操作建议
及时收集证据：如果您发现代理人与相对人存在恶意串通的行为，应及时收集相关证据，如交易记录、通信记录、证人证言等，以证明恶意串通的事实。
通过法律途径解决：在收集到足够证据后，您可以通过法律途径请求法院或仲裁机构确认合同或代理行为无效，并要求相应的法律救济，如财产返还、折价补偿及损失赔偿等。
谨慎选择代理人：在签订合同或进行代理行为时，应谨慎选择代理人，确保其具有良好的信誉和专业的代理能力，以避免恶意串通行为的发生。
举例说明：假设甲委托乙购买一批设备，乙却与设备供应商丙恶意串通，抬高设备价格并获取回扣，损害了甲的利益。在此情况下，甲可以收集乙与丙之间的通信记录、交易记录等证据，证明恶意串通的事实，并通过法律途径请求确认购买合同无效，要求乙和丙返还多收的款项并赔偿损失。
综上所述，代理人恶意串通的合同是无效的，且涉及严重的法律后果。因此，在合同签订和代理行为过程中，各方应秉持诚信原则，避免恶意串通行为的发生，以维护自身及他人的合法权益。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。