结论：恶意串通的合同，即使被认定为有效（在特定情形下可能存在认定有效的特殊情况，但通常恶意串通合同无效），一般也不能直接依据该合同来排除妨害，排除妨害需基于合法的物权或债权请求权。下面为你详细分析：

一、恶意串通合同的效力

1. 通常情形：根据《民法典》第一百五十四条的规定，行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。所以，在大多数情况下，恶意串通的合同是无效的，不存在有效还能排除妨害的问题。例如，甲和乙恶意串通，将丙的房屋低价卖给乙，这种买卖合同就是无效的。
2. 特殊情形：虽然恶意串通合同原则上无效，但在某些极为特殊的情况下，可能存在被认定为有效的情形（这种情况非常罕见且存在严格限制）。比如，恶意串通的行为并未实际损害到他人的合法权益，或者后续经过权利人的追认等。不过，即便合同被认定为有效，也不能直接得出可以排除妨害的结论。

二、排除妨害的法律依据及条件

1. 法律依据：排除妨害是物权保护的一种方式，主要依据《民法典》第二百三十六条的规定，妨害物权或者可能妨害物权的，权利人可以请求排除妨害或者消除危险。
2. 条件：
   • 存在合法的物权：权利人必须对被妨害的物享有合法的物权，如所有权、用益物权等。例如，房屋的所有权人对其房屋享有排除他人非法侵占、妨碍使用的权利。
   • 存在妨害行为：有实际的妨害行为发生，且该妨害行为具有不法性。比如，有人在他人的土地上堆放杂物，影响了土地的正常使用。
   • 妨害行为与损害结果之间存在因果关系：即权利人受到的损害是由于妨害行为直接导致的。

三、恶意串通合同与排除妨害的关系

1. 合同有效不能直接作为排除妨害的依据：即使恶意串通合同被认定为有效，它本身并不能直接赋予合同一方排除妨害的权利。因为排除妨害是基于物权或合法的债权请求权，而不是基于恶意串通的合同。例如，甲和乙恶意串通签订了一份租赁合同，租赁丙的房屋，但该合同即便有效，甲和乙也不能依据此合同来排除丙对房屋的合法管理或使用（如果丙是房屋所有权人且不同意租赁等情况）。
2. 可能存在的例外情况：如果恶意串通合同的一方基于其他合法的理由取得了物权或债权请求权，那么可能可以排除妨害，但这与恶意串通合同本身无关。比如，甲和乙恶意串通签订买卖合同购买丙的房屋，后来丙确实将房屋合法过户给了乙（这种情况可能涉及其他违法违规行为，只是举例说明），乙基于合法的所有权可以排除他人对房屋的非法妨害，但这不是因为恶意串通合同有效，而是因为乙取得了合法的物权。

建议：如果你遇到了涉及恶意串通合同和排除妨害的问题，建议收集相关证据，如合同文本、交易记录、沟通记录等，以便更准确地分析具体情况。有问题可以直接向我咨询，我会结合具体案情为你提供更详细的法律建议。