保险公司赔偿时，营业执照上登记的是负责人而非法人，不影响赔偿责任的认定，保险公司仍需根据保险合同约定和法律规定进行赔偿。以下从不同角度详细分析：

1. 法律主体资格角度
   根据《公司法》和《民法典》相关规定，营业执照上登记的负责人（如分公司负责人）若经工商部门合法登记，其代表公司签署合同、处理事务的行为具有法律效力。即使营业执照未标注“法定代表人”，只要负责人系依法登记并获得授权，其签订的保险合同仍对公司产生约束力，保险公司不得以此为由拒赔。

2. 保险合同相对性角度
   保险合同的赔偿义务取决于合同主体是否适格。若投保人（被保险人）是分公司等分支机构，且负责人已按公司章程或授权文件签署合同，则合同效力不受营业执照表述影响。保险公司需按合同约定履行赔偿义务，除非能证明合同存在无效情形（如无权代理、欺诈等）。

3. 实务操作建议

   • 核对授权文件：若保险公司以“负责人非法人”为由拒赔，可要求其提供书面拒赔通知，并核查合同签署时是否附有公司对负责人的授权委托书。
     
   • 补充证明材料：向工商部门调取分支机构的登记信息，证明负责人系合法登记并代表公司，或提供公司章程中关于负责人权限的条款。
     
   • 协商或诉讼：若协商无果，可向当地银保监会投诉或直接起诉保险公司，主张合同有效并要求赔偿。

总结：营业执照上登记的负责人不影响保险赔偿的认定，关键在于合同签署时负责人是否获得合法授权。若保险公司无合理理由拒赔，可通过法律途径维护权益。如有具体案例或合同条款需要分析，可进一步提供细节，我会为您详细解答。