关于变更权利人是否属于转移登记的问题：
- 变更权利人通常属于转移登记。在房产（包括农村土地和宅基地）的语境下，权利人的变更往往意味着产权的转移。这种转移可能是由于买卖、赠与、继承、互换等多种原因造成的。根据相关法律法规，当房产权利发生转移时，需要进行转移登记，以更新不动产登记簿上的权利人信息，确保产权的清晰和合法。
关于缺失土地权属证时登记是否合法的问题：
缺失土地权属证时，登记通常不合法。土地权属证是证明土地权利归属的重要法律文件，是进行土地登记的基础。在进行土地权利变更（包括转移登记）时，必须提交完整的土地权属证明文件，以证明权利的合法性和真实性。如果缺失土地权属证，那么登记机构通常无法确认土地权利的归属，因此无法进行合法的登记。
- 特殊情况处理：尽管一般情况下缺失土地权属证无法进行合法登记，但在某些特殊情况下，如因历史原因导致权属证遗失或损坏，且能够提供其他充分证据证明土地权利归属的，登记机构可能会根据具体情况进行特殊处理。然而，这种情况下的登记程序通常更为复杂，需要提交更多的证明材料，并经过严格的审核和批准。
法律建议：
- 对于想要变更房产权利人的情况，建议首先确认土地权属证的完整性和有效性。如果土地权属证遗失或损坏，应及时向相关部门申请补办或换发。
- 在进行房产权利变更登记时，务必按照法律法规的要求提交完整的证明材料，以确保登记的合法性和有效性。
- 如果遇到特殊情况或疑问，建议及时咨询专业律师或相关登记机构，以获取更具体和准确的法律指导。
可能法律后果：
- 如果缺失土地权属证而强行进行房产权利变更登记，可能会导致登记无效或被撤销，进而引发一系列的法律纠纷和损失。
- 在房产交易中，如果因土地权属问题导致交易无法完成或产生纠纷，可能会给买卖双方带来不必要的经济损失和法律风险。
综上所述，变更权利人通常属于转移登记，而缺失土地权属证时登记通常不合法。在进行房产权利变更时，务必确保土地权属证的完整性和有效性，并按照法律法规的要求进行登记。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。