可以起诉，但需根据具体情况选择合适的法律途径。以下是详细分析：

1. 单位不配合的性质与法律后果
   根据《工伤保险条例》第十七条，单位应在事故伤害发生之日起30日内，向社保部门提出工伤认定申请。若单位未履行该义务，劳动者可自行在1年内申请工伤认定。若单位拒不配合（如拒绝提供劳动关系证明、事故证据等），可能构成行政违法，社保部门可依据《社会保险法》第八十三条对其处罚，但此途径不直接解决赔偿问题。

2. 起诉的路径选择

   • 路径一：劳动仲裁前置程序
     若单位未缴纳工伤保险或拒付工伤待遇，劳动者需先申请劳动仲裁，要求单位支付工伤赔偿（如医疗费、伤残补助金等）。根据《劳动争议调解仲裁法》第五条，劳动仲裁是诉讼前置程序，对仲裁结果不服的，可在15日内向法院起诉。
     关键点：需证明劳动关系（如劳动合同、工资记录、工友证言等）及工伤事实（如事故报告、医疗记录等）。

   • 路径二：直接起诉单位（特殊情形）
     若单位存在故意拖延、伪造证据等恶意行为，导致劳动者无法及时获得工伤认定或赔偿，可依据《民法典》第一千一百六十五条，以“侵权责任纠纷”为由直接起诉单位，要求赔偿因单位过错导致的损失（如延误治疗的额外费用、精神损害抚慰金等）。
     关键点：需证明单位存在过错（如故意隐瞒事故、拒绝提供材料等）及损失与过错的因果关系。

3. 社保部门的角色与协助
   若单位未缴纳工伤保险，社保部门虽无法直接支付赔偿，但可依据《工伤保险条例》第六十二条，责令单位补缴工伤保险费及滞纳金，并协助劳动者追偿。劳动者可同时向社保部门投诉，要求其履行监管职责。

4. 实务建议

   • 优先固定证据：收集劳动合同、工资流水、事故现场照片、医疗记录、单位拒不配合的书面证据（如邮件、聊天记录）等。
     
   • 分步维权：先申请工伤认定（单位不配合时自行申请），再申请劳动仲裁要求单位支付赔偿，最后对仲裁结果不服的向法院起诉。
     
   • 注意时效：工伤认定申请需在1年内提出，劳动仲裁需在知道权利被侵害之日起1年内提出。

总结：单位不配合时，劳动者可通过劳动仲裁或直接起诉（特殊情形）维权，同时可要求社保部门协助。具体路径需根据单位行为性质、证据充分性及诉讼策略综合选择。如有进一步疑问，可直接向我咨询。