公司章程中未被《公司法》列举的除外情形，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，通常是有效的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、公司章程的自治性与法定性

1. 自治性：公司章程是公司内部的“宪法”，它规定了公司的组织结构、运营方式、股东权利与义务等核心内容。根据《公司法》的相关规定，公司章程在法律允许的范围内具有高度的自治性，即公司可以根据自身情况制定符合实际需求的章程条款。

2. 法定性：尽管公司章程具有自治性，但它也必须遵守法律、行政法规的强制性规定。这些规定是公司运营的基本准则，任何违反这些规定的章程条款都将被视为无效。

二、未列举除外情形的有效性判断

1. 不违反法律、行政法规的强制性规定：如果公司章程中规定的未列举除外情形不违反法律、行政法规的强制性规定，那么这些条款通常是有效的。例如，公司章程可以规定在某些特定情况下，股东会或董事会的决议需要经过更高比例的表决权通过，这种规定并不违反法律、行政法规的强制性规定，因此是有效的。

2. 不违背公序良俗：公序良俗是社会公共秩序和善良风俗的简称，它代表了社会的一般道德观念和法律精神。如果公司章程中的未列举除外情形违背了公序良俗，如规定歧视性条款或违反社会公德的内容，那么这些条款将被视为无效。

3. 不损害他人合法权益：公司章程中的条款不得损害他人合法权益，包括股东、债权人、员工等利益相关者的权益。如果未列举除外情形涉及损害他人合法权益的内容，那么这些条款也将被视为无效。

三、实际操作中的注意事项

1. 明确条款内容：在制定公司章程时，应尽可能明确未列举除外情形的具体内容，避免模糊不清或产生歧义。这有助于减少未来可能出现的纠纷和争议。

2. 遵循法律程序：公司章程的制定和修改必须遵循法律程序，如召开股东会或董事会进行审议和表决等。只有经过合法程序制定的章程条款才具有法律效力。

3. 及时咨询专业律师：在制定或修改公司章程时，如果涉及复杂的法律问题或不确定的条款内容，建议及时咨询专业律师以获取法律意见和指导。这有助于确保公司章程的合法性和有效性。

四、法律后果

如果公司章程中的未列举除外情形被认定为无效，那么该条款将不具有法律效力，公司不得依据该条款进行任何操作或决策。同时，如果因无效条款导致公司或股东遭受损失，相关责任方可能需要承担相应的法律责任。

总结来说，公司章程中未被《公司法》列举的除外情形，在符合法律、行政法规的强制性规定、不违背公序良俗且不损害他人合法权益的前提下，通常是有效的。在制定或修改公司章程时，应谨慎考虑并遵循相关法律程序，如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。