被借用资质的公司（即被挂靠企业）在特定情况下可以主张工程款，但具体能否主张及主张的方式需根据实际情况和法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同关系角度
直接合同关系：
- 若被挂靠企业与发包人直接签订了建设工程施工合同，并且该合同合法有效（尽管挂靠行为本身违法，但合同效力需单独判断），则被挂靠企业作为合同一方主体，有权依据合同约定向发包人主张工程款。
表见代理：
- 若被挂靠企业虽未直接与发包人签订合同，但其行为（如允许挂靠人以被挂靠企业名义施工、提供资质文件等）导致发包人有合理理由相信挂靠人是代表被挂靠企业进行施工，构成表见代理。此时，被挂靠企业同样可以向发包人主张工程款，但需提供充分证据证明表见代理的存在，如挂靠人以被挂靠企业名义签订的合同、被挂靠企业出具的授权委托书等。
二、实际履行角度
- 实际参与施工管理：
- 如果被挂靠企业在施工过程中实际参与了工程管理，如派遣技术人员、管理人员对工程质量、进度等进行把控，提供了部分施工设备或材料等，那么它可以基于其实际投入和贡献，向发包人或挂靠人主张相应的工程款份额。这要求被挂靠企业提供确凿的证据证明其实际参与和投入，如施工日志、材料采购发票、人员工资发放记录等。
三、挂靠协议角度
- 与挂靠人的约定：
- 虽然挂靠行为本身违法，挂靠协议也往往被认定为无效，但如果被挂靠企业与挂靠人之间签订的挂靠协议中明确约定了在特定条件下被挂靠企业可以主张工程款（如挂靠人无法支付工程款时，被挂靠企业有权代为主张），且该约定不违反法律法规的强制性规定（尽管挂靠协议整体无效，但部分条款可能因不违反法律强制性规定而具有相对独立性），那么在符合约定条件时，被挂靠企业可以依据该协议向挂靠人主张权利。然而，由于挂靠协议的无效性，这种约定在法律上的效力可能受到质疑，因此需谨慎对待，并尽量提供其他证据支持其主张。
四、法律法规角度
挂靠行为的违法性：
- 挂靠行为违反了《建筑法》、《建设工程质量管理条例》等法律法规的禁止性规定，因此挂靠合同或协议在法律上往往是无效的。这意味着被挂靠企业不能简单地依据挂靠合同来主张工程款。
实际情况的复杂性：
- 尽管挂靠合同无效，但实际情况往往复杂多变。如果实际施工人（挂靠人）已经完成了工程并经验收合格，根据“事实行为产生法律效力”的原则，实际施工人有权要求支付工程款。此时，被挂靠企业可能因工程款流经其账户而涉及其中，但能否主张工程款需根据具体情况判断。例如，如果被挂靠企业实际参与了工程管理并提供了部分投入，那么它可能有权主张相应的工程款份额；如果被挂靠企业仅是出借资质而未参与任何管理或投入，那么它可能难以主张工程款。
综合建议
在处理被挂靠施工企业主张工程款的问题时，应综合考虑多种因素，包括合同关系的有效性、实际履行的程度、挂靠协议的约定以及相关法律法规的规定等。由于挂靠行为的复杂性和法律风险，建议您在遇到此类问题时，及时收集并整理相关证据材料（如施工合同、挂靠协议、施工日志、材料采购发票等），并咨询专业律师（即我本人）的意见，以确保自身权益得到有效维护。同时，也提醒各方当事人遵守法律法规，避免采取违法的挂靠行为，以免引发不必要的法律纠纷和经济损失。