结论：法院在特定情况下可以向被借资质的公司发出协助执行通知，要求其协助执行被执行人公司应收的工程款。但具体是否可行，需结合案件具体情况及法律规定综合判断。
分析说明：
法律关系梳理：
- 在被执行人公司借用有资质公司名义承接工程的情况下，虽然合同名义上是由有资质公司签订，但实际施工及收益可能归属于被执行人公司。
- 若法院已确认被执行人公司对某笔工程款享有实际权益，且该工程款尚未支付或支付至有资质公司账户，则法院有权对该笔款项采取执行措施。
协助执行义务：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，第三人（在此为有资质公司）若对执行标的负有到期债务或有协助执行义务的，法院可以要求其协助执行。
- 有资质公司作为工程款的接收方，若明知或应知该款项实际属于被执行人公司，且未提出合理异议，则可能被视为对被执行人公司负有到期债务，从而需承担协助执行义务。
实际操作中的考量：
- 法院在决定是否向有资质公司发出协助执行通知时，会综合考虑多种因素，包括但不限于合同约定、实际施工情况、款项支付记录等。
- 若存在争议或证据不足，法院可能会要求申请执行人提供进一步证据或通过其他程序（如诉讼）确认权益归属。
潜在风险与防范：
- 对于有资质公司而言，若被要求协助执行，应仔细审查相关法律文书及证据，确保自身权益不受损害。
- 若认为协助执行存在错误或不当，有资质公司有权提出异议或申请复议，甚至通过诉讼途径维护自身权益。
法律建议：
- 对于申请执行人：若认为被执行人公司通过借用资质方式承接工程并享有应收工程款，应积极收集相关证据（如合同、施工记录、款项支付记录等），并向法院申请执行。
- 对于有资质公司：若收到法院协助执行通知，应认真审查并评估自身义务及风险。如有异议，应及时向法院提出并附上相关证据。
- 双方均可：在涉及复杂法律关系或存在争议的情况下，建议咨询专业律师以获取更具体、更专业的法律意见。
后续行动指引：
- 若您是申请执行人，且认为符合上述条件，可准备相关证据并向法院申请执行。
- 若您是有资质公司，且收到法院协助执行通知，建议立即咨询律师以评估风险并制定应对策略。
- 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业建议。