结论：在“学校同意的开票方式被纪委告知不合规，但实际花销已产生”的情况下，责任归属需根据具体情况分析，可能涉及学校、开票方或相关责任人员，具体如下：
学校责任：
- 合规性审查义务：学校作为开票方式的同意方，有义务确保开票方式符合相关法律法规和财务制度。若学校未尽到合理的审查义务，导致开票方式不合规，学校可能需要承担一定的管理责任。
- 实际花销处理：对于实际已产生的花销，学校需根据合规要求进行调整或补救。若因开票方式不合规导致无法报销或产生其他经济损失，学校可能需要自行承担或与相关责任方协商解决。
开票方责任：
- 合规开票义务：开票方作为提供发票的一方，有义务确保所开发票符合税法和其他相关法律法规的规定。若开票方提供的发票不合规，导致学校被纪委告知不合规，开票方可能需要承担相应的法律责任，如被税务机关处罚等。
- 赔偿损失：若因开票方的不合规行为导致学校产生经济损失，开票方可能需要根据合同约定或法律规定承担赔偿责任。
相关责任人员责任：
- 直接责任：若学校或开票方的相关责任人员（如财务人员、经办人员等）在开票过程中存在故意或重大过失行为，导致开票方式不合规，这些责任人员可能需要承担直接责任，如被学校或开票方内部处分，或承担相应的法律责任。
- 连带责任：在某些情况下，相关责任人员可能因与开票方或学校存在某种关系（如合作、共谋等）而需要承担连带责任。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国发票管理办法》等相关法律法规，开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。任何单位和个人不得有虚开发票等违法行为。若开票方式不合规，可能涉及虚开发票等违法行为，将受到税务机关的处罚。
- 建议：
- 学校：应加强对开票方式的合规性审查，确保所有开票行为均符合相关法律法规和财务制度。对于已产生的实际花销，应尽快与开票方沟通，寻求合规的解决方案，如重新开具合规发票等。
- 开票方：应严格遵守税法和其他相关法律法规的规定，确保所开发票的合规性。若因自身原因导致学校被纪委告知不合规，应积极配合学校解决问题，并承担相应的法律责任。
- 相关责任人员：应增强合规意识，严格遵守学校和开票方的内部规定和操作流程。若因自身行为导致开票方式不合规，应主动承担责任，并积极配合学校和开票方解决问题。
可能法律后果：
- 若开票方式不合规被认定为虚开发票等违法行为，相关责任方可能面临税务机关的处罚，包括罚款、没收违法所得等。
- 若因开票方式不合规导致学校或开票方产生经济损失，相关责任方可能需要根据合同约定或法律规定承担赔偿责任。
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