当检察院对交通肇事罪做出不予起诉的决定后，对于单位（这里主要理解为涉及肇事者的用人单位或相关管理机构）而言，需要从多个方面来综合处理这一问题，既要确保法律程序的正确性，也要维护单位及受害者的合法权益。以下是对此情况的详细分析与处理建议：

一、对肇事者的处理

1. 了解不起诉决定的具体内容：

   • 单位应首先详细了解检察院不予起诉决定书的具体内容和理由，这有助于单位判断肇事者的行为性质及后续可能面临的法律后果。

2. 驾照处理：

   • 检察院不起诉并不意味着肇事者的驾照不会受到处理。单位应提醒肇事者及时咨询当地公安机关交通管理部门，了解驾照状态。
   • 若肇事者在事故中有符合《道路交通安全法》规定的应吊销驾驶证的违法行为（如酒后驾驶、肇事逃逸、严重超速等），即使检察院不起诉，交管部门仍会依法吊销其驾照。单位应督促肇事者遵守相关法规，及时处理驾照问题。

3. 内部纪律处分：

   • 根据单位内部规章制度，对肇事者进行相应的纪律处分，如警告、记过、降职、解雇等。这有助于维护单位纪律，防止类似事件再次发生。

二、对受害者的处理

1. 沟通与安抚：

   • 单位应积极与受害者沟通，了解其诉求和损失情况，提供必要的安抚和支持。
   • 若受害者提出赔偿要求，单位应协助肇事者与受害者协商赔偿事宜，或引导受害者通过法律途径解决。

2. 法律援助：

   • 若受害者需要法律援助，单位可提供必要的帮助，如协助联系律师、提供法律咨询等。

三、对公安机关及检察院的配合

1. 配合调查与复议：

   • 若公安机关对不起诉决定有异议并要求复议，或上一级检察院提请复核，单位应积极配合相关调查工作，提供必要的证据和资料。

2. 尊重法律决定：

   • 无论最终处理结果如何，单位都应尊重法律决定，遵守相关法律法规，不得干扰或阻碍法律程序的正常进行。

四、综合处理与建议

1. 反思与总结：

   • 单位应对整个事件进行反思和总结，分析肇事原因、管理漏洞等，提出改进措施，防止类似事件再次发生。

2. 加强安全教育：

   • 加强单位内部的安全教育，提高员工的安全意识和法律意识，确保员工遵守交通规则，安全驾驶。

3. 准备应对后续法律程序：

   • 若受害者或公安机关对处理结果有异议并提起上诉或异议等后续法律程序，单位应做好应对准备，确保案件处理的全面性和完整性。

综上所述，当检察院对交通肇事罪做出不予起诉决定后，单位应从多个方面综合考虑和处理相关问题，既要确保法律程序的正确性，又要保护受害者及单位的合法权益，同时不断提升自身的安全管理水平和法律意识。