针对您提出的“酒后驾驶检察院不予起诉单位会怎么处理”这一问题，我将从多个角度为您进行详细、有深度的解答。
首先，我们需要明确的是，当检察院对酒后驾驶（醉驾）案件作出不起诉决定时，这通常意味着从刑事法律层面，被不起诉人无需再承担刑事责任。但这并不意味着被不起诉人可以完全免除所有后果。
一、单位处理方式
单位对于酒后驾驶检察院不予起诉的员工，其处理方式会结合单位的规章制度来确定。一般来说，单位可能不会进行开除处理，但可能会根据情节轻重给予轻微处分或者不予处理。这是因为检察院不起诉往往是因为不构成犯罪或证据不足，或者虽构成犯罪但应当判免于刑事处罚。而法律规定，被依法追究刑事责任的员工，用人单位才可以解除劳动合同。所以，在醉驾不予起诉的情况下，员工通常不会被单位开除。
二、行政处罚与驾驶证管理
尽管检察院不起诉，但酒后驾驶行为仍属于严重违反《道路交通安全法》的行为。公安机关交通管理部门会依法对被不起诉人进行行政处罚，如吊销机动车驾驶证，并根据具体情况在规定期限内禁止其重新取得驾驶证。一般而言，醉酒驾驶机动车的，5年内不得重新取得驾驶证；若是醉酒驾驶营运机动车，则10年内不得重新取得，且重新取得后不得驾驶营运机动车。
三、政务与党纪处分（针对公职人员或党员干部）
对于公职人员或党员干部而言，即使检察院不起诉，酒后驾驶行为也可能导致政务处分和党纪处分。根据相关规定，视情节轻重，可能会给予撤职、开除等政务处分，以及撤销党内职务、留党察看、开除党籍等党纪处分。这体现了对公职人员和党员干部更高标准的纪律要求。
四、个人记录与社会影响
虽然检察院作出了不起诉决定，但酒后驾驶记录仍可能在一定程度上影响被不起诉人的个人档案和信用记录。这可能对某些职业资格的获取、单位入职审查等产生潜在影响。同时，酒后驾驶行为的负面社会影响依然存在，可能会对个人在社会声誉等方面造成一定影响。
五、建议与后续行动
严格遵守交通法规：作为驾驶员，应时刻牢记交通法规，坚决杜绝酒后驾车行为，以维护自身和他人的生命财产安全。
积极配合后续程序：如果被不起诉，应严格遵守检察机关的决定，积极配合后续程序，如接受交通安全教育等。
关注个人记录变化：应关注个人记录的变化，并在今后的生活中保持良好的行为记录，以避免对个人职业发展和社会声誉造成不良影响。
综上所述，酒后驾驶检察院不予起诉并不意味着没有任何后果。被不起诉人仍需面对行政处罚、可能的政务与党纪处分、配合后续程序的义务以及个人记录和社会影响等多方面的法律后果。因此，强烈建议广大驾驶员严格遵守交通法规，坚决杜绝酒后驾车行为。