关于“交通肇事检察院不予起诉纪委如何处理”的问题，首先我们需要明确，检察院的不予起诉决定是针对刑事案件而言的，而纪委的处理通常涉及党纪政纪问题。两者虽然可能涉及同一事件或同一人，但处理流程和依据是不同的。

一、检察院不予起诉的处理

当检察院对交通肇事罪做出不予起诉的决定后，这通常意味着基于现有证据和法律规定，检察院认为没有足够的依据去起诉该嫌疑人。此时，对于被不起诉人来说：

1. 立即释放与解除强制措施：若被不起诉人在押，应立即释放，并解除相关强制措施。
2. 非刑罚性责任：检察院可根据案件情况，对被不起诉人进行训诫、责令具结悔过等，或向有关主管机关提出行政处罚、行政处分的检察意见。

对于被害人，则有权向上一级检察院申诉，或直接向人民法院提起刑事自诉。

二、纪委的处理

纪委的处理则主要关注于党员干部或公职人员是否违反了党纪政纪。如果交通肇事案件中的当事人是党员干部或公职人员，并且其行为涉嫌违反党纪政纪（如酒驾、公车私用等），那么纪委可能会介入调查。

1. 调查与核实：纪委将调查事故的具体情况，包括当事人的行为、责任以及是否涉及违纪问题。
2. 处理与处分：如果调查确认当事人存在违纪行为，纪委将根据其情节轻重给予相应的党纪政纪处分，如警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看、开除党籍等。

三、综合处理

在实际操作中，检察院的不予起诉决定和纪委的处理可能并行不悖。即，检察院从法律角度评估是否起诉，而纪委则从党纪政纪角度进行评估和处理。

因此，对于“交通肇事检察院不予起诉纪委如何处理”的问题，答案是：检察院的不予起诉决定针对的是刑事案件，而纪委将依据党纪政纪对涉事党员干部或公职人员进行独立调查和处理。两者各有侧重，互不干扰。如果涉事人是党员干部或公职人员，并涉嫌违反党纪政纪，那么纪委将依法依规进行处理。