若被审计公司发现员工有犯罪记录，需根据具体情况采取针对性措施，核心处理方向如下：
立即核实犯罪记录的真实性与关联性
公司应通过合法途径（如要求员工提供无犯罪记录证明、委托第三方背景调查机构核查）确认犯罪记录的真实性。若记录属实，需进一步评估犯罪行为与岗位的关联性：
- 直接关联岗位（如财务、出纳、涉及商业秘密的岗位）：若员工曾因贪污、诈骗、侵犯商业秘密等犯罪被处罚，可能构成《劳动合同法》第39条规定的“被依法追究刑事责任”情形，公司可单方解除劳动合同且无需支付经济补偿。
- 非直接关联岗位（如行政、普通销售）：若犯罪行为与岗位无直接冲突（如员工曾因交通肇事被处罚），公司一般不能直接解除合同，但可依据内部规章制度（如《员工手册》中“严重违反公司价值观”条款）进行纪律处分。
审查内部规章制度与劳动合同的合法性
公司需确保内部规章制度（如《招聘管理制度》《员工行为规范》）已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论、公示），且内容不违反法律强制性规定（如不得以“曾有犯罪记录”为由一概拒绝录用或解除合同，否则可能构成就业歧视）。若规章制度合法有效，公司可依据规定对员工进行处理；若未制定相关制度，则需谨慎操作，避免因程序瑕疵引发劳动争议。
分情况处理现有员工与新入职员工
- 现有员工：若犯罪记录属实且与岗位直接关联，公司可依法解除合同；若关联性较弱，可考虑调岗（如将财务岗位员工调至行政岗位）或加强监督（如要求定期汇报工作、限制系统权限）。
- 新入职员工：若在入职前未发现犯罪记录，入职后才发现的，公司可依据《劳动合同法》第26条“以欺诈手段订立劳动合同”为由主张合同无效，但需证明员工在入职时故意隐瞒犯罪记录（如入职申请表中明确询问“是否有犯罪记录”且员工勾选“否”）。
注意程序合法性，避免侵权风险
公司在处理过程中需严格遵守程序要求：
- 解除合同前需通知工会（如有），并听取工会意见；
- 保留书面证据（如犯罪记录证明、员工签字确认的规章制度、调岗通知等）；
- 避免在公开场合讨论员工犯罪记录，防止侵犯隐私权或名誉权。
若公司未依法处理，可能面临以下风险：
- 员工主张违法解除合同，要求支付赔偿金（2N倍工资）；
- 因就业歧视被投诉至劳动监察部门，面临行政处罚；
- 侵犯员工隐私权或名誉权，被要求赔偿精神损失。
建议：公司可定期梳理岗位风险点，在《招聘管理制度》中明确“需进行背景调查的岗位范围”，并在入职申请表中设置“犯罪记录声明”条款；对现有员工，可每年组织一次合规培训，强调隐瞒犯罪记录的后果。若需进一步分析具体案例，可直接向我咨询。