结论：试用期结束后，上层领导不通过考核又不辞退员工的做法，其合法性需分情况讨论，若公司有合法合理的考核制度且员工确实未通过考核，公司有权不续签劳动合同；但若公司无合法理由或未履行相应程序，则可能构成违法。以下从不同角度详细分析：
一、试用期考核与劳动合同续签的法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，试用期是用人单位与劳动者相互了解、选择而约定的不超过六个月的考察期。在试用期内，用人单位有权对劳动者的工作能力、工作表现等进行考核，以决定是否继续聘用。若劳动者在试用期内被证明不符合录用条件，用人单位可以解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
然而，试用期结束后，若公司未明确告知员工未通过考核，且未提出解除劳动合同，而是继续让员工工作，则可能视为双方同意继续履行原劳动合同。此时，公司若再以试用期未通过为由辞退员工，则可能缺乏法律依据。
二、公司行为的合法性分析
公司有合法合理的考核制度：
- 若公司制定了明确的试用期考核制度，且该制度合法合理（如考核标准明确、考核程序公正等），同时员工确实未通过考核，那么公司有权不续签劳动合同，即不与员工建立正式的劳动关系。
- 在此情况下，公司虽未直接辞退员工，但选择不续签劳动合同，并不违反法律规定。但公司应确保考核过程的公正性和透明度，避免滥用考核权。
公司无合法理由或未履行相应程序：
- 若公司未制定明确的试用期考核制度，或考核制度不合法不合理（如考核标准模糊、考核程序不公正等），则公司以试用期未通过为由不续签劳动合同，可能缺乏法律依据。
- 此外，即使公司有合法合理的考核制度，但若未按照制度进行考核，或未将考核结果告知员工，也构成程序违法。在此情况下，公司若继续让员工工作，则可能视为双方同意继续履行原劳动合同，公司再以试用期未通过为由辞退员工，将构成违法解除劳动合同。
三、员工的权益保护
- 要求公司明确考核结果：若员工对公司的考核结果有异议，可以要求公司明确告知考核结果及未通过的原因。
- 申请劳动仲裁：若员工认为公司的行为构成违法解除劳动合同，可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司支付经济补偿或赔偿金。
- 保留证据：员工应保留与试用期考核、劳动合同续签等相关的证据，如考核表、劳动合同、工作记录等，以便在争议发生时维护自己的权益。
四、建议与提醒
- 对于公司：应制定明确、合法合理的试用期考核制度，并确保考核过程的公正性和透明度。在决定不续签劳动合同时，应及时告知员工并说明原因，避免引发不必要的劳动争议。
- 对于员工：在试用期内应认真工作，努力达到公司的录用条件。若对公司的考核结果有异议，应及时与公司沟通并保留相关证据。在面临劳动争议时，应积极寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。