结论：公司以离职未提前三十天为由恶意克扣工资，这一行为在一般情况下是不合法的，但若劳动者的行为给公司造成了实际经济损失，且公司有充分证据证明该损失，则公司有权要求劳动者赔偿，赔偿费用可从工资中合理扣除。
详细分析：
基本原则：
- 根据《劳动合同法》及《劳动法》的相关规定，劳动者在提前三十日以书面形式通知用人单位后，可以解除劳动合同。这是法律赋予劳动者的权利，同时也是对用人单位的一种保护。
- 工资是对劳动者劳动付出的经济补偿，与劳动者是否提前通知离职无直接关系。因此，在一般情况下，即使劳动者未提前30天申请离职，公司也不得随意扣发其工资。
特殊情况：
- 如果劳动者的突然离职给公司造成了直接经济损失，如工作交接延误、业务中断、客户流失等，且公司能够提供充分证据证明这些损失是由劳动者的离职行为直接导致的，那么公司有权要求劳动者进行赔偿。
- 赔偿金额可以从劳动者的工资中扣除，但需注意扣除的赔偿费用不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
公司规章制度：
- 如果公司的规章制度中有关于未提前30天离职扣发工资的规定，且该规定是合法有效的，同时公司能够证明劳动者的离职给其造成了实际损失，那么在这种情况下，公司可以按照规章制度的规定扣发工资。
- 但即便如此，公司也需确保扣除后的工资不低于法定最低标准，以保障劳动者的基本生活需求。
法律建议：
劳动者角度：
- 如果您认为公司恶意克扣工资，首先可以尝试与公司进行协商，寻求和解。
- 若协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求行政部门的帮助。
- 您还可以申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
公司角度：
- 如果公司确实因劳动者的突然离职而遭受了经济损失，且能够提供充分证据证明该损失，那么公司可以依法要求劳动者进行赔偿。
- 但公司在扣发工资时，必须严格遵守相关法律法规的规定，确保扣除的赔偿费用合理且合法。
可能法律后果：
- 如果公司恶意克扣工资且无法提供充分证据证明劳动者的离职行为给其造成了实际损失，那么公司可能面临劳动监察部门的处罚，并需要向劳动者支付被克扣的工资及可能的赔偿金。
- 如果劳动者因公司恶意克扣工资而提起劳动仲裁或诉讼，且最终胜诉，那么公司除了需要支付被克扣的工资外，还可能需要承担劳动者的律师费、诉讼费等额外费用。
总之，在处理此类问题时，建议双方都保持冷静和理性，通过协商、投诉或法律途径来寻求解决方案。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。