农民工培训专项资金一般不能用于给员工发放绩效工资。以下从不同角度进行分析：

1. 资金性质与用途规定：农民工培训专项资金是专门设立用于农民工培训相关事项的资金。其设立目的在于提升农民工的技能水平、就业能力等，以促进其更好地融入劳动力市场和实现职业发展。从资金的管理和使用规范来看，通常会有明确的文件或政策规定其使用范围，发放绩效工资并不在其规定的用途之内。
2. 违反规定的后果：如果将农民工培训专项资金用于发放绩效工资，这属于挪用专项资金的行为。这种行为可能面临多种不利后果，从行政层面来说，相关部门可能会责令限期归还被挪用的资金，对单位进行警告、罚款等行政处罚；从更严重的层面讲，如果挪用资金数额较大或者情节严重，相关责任人可能会涉嫌挪用公款罪等刑事犯罪，面临刑事处罚。
3. 合规使用建议：单位应当严格按照规定使用农民工培训专项资金，将其用于组织农民工参加各类技能培训、购买培训教材、聘请培训教师等与培训直接相关的支出。如果单位有发放绩效工资的需求，应当通过正常的工资薪酬体系，从单位的合法经营收入或其他符合规定的资金来源中列支。

如果单位在资金使用方面存在疑问或者面临相关法律问题，可以直接向我咨询。