核心结论：合同对方已盖章，但我方在公司流程中有改动，这种情况下合同是否生效及如何处理，需根据改动内容、双方沟通情况以及法律规定综合判断。一般来说，未经对方同意的单方改动可能影响合同效力，但可通过协商、补充协议等方式解决。

分情况说明：

• 改动内容不涉及合同实质条款： 如果改动的内容仅是格式调整、错别字修正或非关键性条款的完善，且这些改动不影响合同双方的权利义务关系，那么通常不会影响合同的效力。但为了保险起见，建议及时与对方沟通，说明改动情况，并确认对方是否同意这些改动。如果对方表示同意，可以书面形式确认，如通过邮件、补充协议等。

• 改动内容涉及合同实质条款： 如果改动的内容涉及合同的主要条款，如价格、数量、质量标准、履行期限、违约责任等，这些改动可能直接影响合同双方的权利义务关系。在这种情况下，未经对方同意的单方改动是无效的，因为这违反了合同订立的基本原则——双方意思表示一致。如果确实需要改动这些实质条款，应当与对方重新协商，达成一致意见后，以书面形式签订补充协议或修改原合同，并由双方重新盖章确认。

法律风险提示：

• 合同效力风险：未经对方同意的单方改动可能导致合同部分或全部无效，从而引发法律纠纷。
• 违约责任风险：如果因改动导致合同无法履行或履行不符合约定，改动方可能承担违约责任。
• 证据保留风险：在改动合同过程中，务必保留好所有沟通记录、修改稿及最终确认文件，以备不时之需。

建议行动步骤：

• 立即沟通：发现改动后，第一时间与对方联系，说明改动情况及原因。
• 协商确认：就改动内容与对方进行协商，达成一致意见后，签订书面补充协议或修改原合同。
• 法律审查：在最终确定合同内容前，建议由专业律师对合同进行法律审查，确保合同条款合法有效。
• 妥善保管：将所有与合同相关的文件、沟通记录等妥善保管，以备后续可能出现的法律纠纷。