结论前置：公司对于员工在职期间的贪污行为，在员工辞职后仍然可以追溯，但具体能否成功追溯并追回损失，需视证据充分性、诉讼时效等因素而定。

详细分析：

1. 法律基础与追溯权：

   • 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，贪污行为属于犯罪行为，公司作为受害方，有权向司法机关报案，并要求追究犯罪者的刑事责任。即便员工已经辞职，公司仍然可以就其在职期间的贪污行为向公安机关报案，启动刑事诉讼程序。
   • 同时，从民事角度，公司还可以依据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定，向法院提起民事诉讼，要求贪污员工赔偿因其贪污行为给公司造成的损失。

2. 证据收集与诉讼时效：

   • 证据收集：公司要成功追溯贪污行为，关键在于收集充分的证据。这包括但不限于财务记录、交易凭证、监控录像、证人证言等。证据的充分性和合法性将直接影响追溯的成功率。
   • 诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，公司需要在发现贪污行为或应当发现贪污行为之日起三年内提起民事诉讼，否则可能因超过诉讼时效而丧失胜诉权。但需注意，若贪污行为涉及刑事犯罪，则不受此三年诉讼时效的限制，公司可随时向公安机关报案。

3. 实际操作建议：

   • 及时报案：一旦发现员工存在贪污行为，公司应立即向公安机关报案，并配合司法机关的调查工作。
   • 内部调查：同时，公司可以启动内部调查程序，收集相关证据，为后续的刑事诉讼或民事诉讼做好准备。
   • 法律咨询：在追溯过程中，公司应咨询专业律师的意见，确保追溯行为的合法性和有效性。律师可以协助公司制定追溯策略，提供法律支持，并在必要时代表公司参与诉讼。

4. 特殊情况考虑：

   • 如果贪污员工已经离职且下落不明，公司可能需要通过公告送达等方式来确保诉讼程序的顺利进行。
   • 若贪污行为涉及多个员工或复杂交易结构，公司可能需要投入更多资源和时间来梳理案件事实，收集证据。

后续行动建议：

• 公司应建立健全的内部控制制度，加强对财务活动的监督和管理，预防贪污行为的发生。
• 一旦发现贪污行为，公司应迅速采取行动，收集证据并报案，以维护自身的合法权益。
• 在整个追溯过程中，公司应保持与司法机关和律师的密切沟通，确保追溯工作的顺利进行。

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