公司当然可以追讨被贪污的款项。这是基于公司财产权益的保护以及相关法律法规的规定。下面我将从几个角度详细分析这个问题：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，贪污行为是违法的，并且会受到相应的刑事处罚。这为公司追讨被贪污的款项提供了法律基础，因为贪污行为本身就侵犯了公司的财产权。
   • 同时，《中华人民共和国民法典》也规定了关于财产权益的保护，公司作为财产的所有者，有权要求返还被非法侵占的财产。

2. 追讨途径：

   • 刑事途径：公司可以向公安机关报案，由公安机关立案侦查，追究贪污者的刑事责任。在刑事诉讼过程中，公司可以作为被害人参与诉讼，并有权要求返还被贪污的款项。
   • 民事途径：公司也可以直接向法院提起民事诉讼，要求贪污者返还被贪污的款项，并可能要求赔偿因此造成的损失。在民事诉讼中，公司需要提供充分的证据证明贪污行为的存在以及款项的数额。

3. 实际操作建议：

   • 收集证据：公司应尽快收集与贪污行为相关的证据，如财务记录、交易凭证、证人证言等。这些证据将对于后续的刑事或民事诉讼至关重要。
   • 咨询专业律师：在追讨过程中，公司应咨询专业律师的意见，以确保追讨行动的合法性和有效性。律师可以协助公司制定追讨策略，提供法律支持，并代表公司参与诉讼。
   • 考虑内部处理：如果贪污行为涉及公司内部员工，公司还可以考虑内部处理措施，如解除劳动合同、追究内部纪律责任等。但这些措施并不影响公司同时采取法律手段追讨被贪污的款项。

4. 可能面临的挑战：

   • 证据收集难度：贪污行为往往具有隐蔽性，证据收集可能面临一定困难。公司需要耐心细致地调查，并可能需要借助专业机构的帮助来收集证据。
   • 诉讼成本：无论是刑事诉讼还是民事诉讼，都需要一定的时间和金钱成本。公司需要评估追讨行动的可行性和成本效益，做出合理的决策。

总结来说，公司完全有权追讨被贪污的款项，并且可以通过刑事或民事途径来实现这一目标。在追讨过程中，公司应收集充分证据、咨询专业律师，并考虑内部处理措施。尽管可能面临一些挑战，但只要公司采取合适的策略和行动，就有可能成功追回被贪污的款项。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。