三人合股开店餐饮店亏损的计算及处理，需根据合伙协议的约定及法律规定综合判断，具体分为以下几种情况：

1. 若合伙协议明确约定亏损分担比例
   根据《中华人民共和国民法典》第九百七十二条，合伙的利润分配和亏损分担，按照合伙合同的约定办理。若三人签订的合伙协议中已明确约定亏损分担比例（如按出资比例、管理贡献比例等），则直接按约定执行。例如：A出资40%、B出资30%、C出资30%，亏损按此比例分担。

2. 若合伙协议未约定或约定不明确
   根据《民法典》第九百七十二条，未约定或约定不明确的，由合伙人协商决定；协商不成的，按照实缴出资比例分担；无法确定出资比例的，由合伙人平均分担。例如：三人出资相同但未约定亏损分担，则每人承担1/3亏损。

3. 若存在特殊约定或例外情形

   • 连带责任：若合伙协议约定或法律规定（如《民法典》第九百七十三条）合伙人需对亏损承担连带责任，则债权人可要求任一合伙人清偿全部债务，清偿后合伙人再按比例追偿。
     
   • 过错责任：若亏损因某合伙人故意或重大过失导致（如挪用资金、管理失职），其他合伙人可要求其承担全部或部分损失，具体需结合证据和协议约定。
     
   • 退伙或解散清算：若亏损导致合伙无法继续经营，需按《民法典》第九百七十六条至第九百七十八条进行清算，先清偿债务，剩余财产按约定或出资比例分配。

实务建议：

1. 核查合伙协议：优先检查协议中关于亏损分担、决策机制、退伙等条款，明确各方权利义务。
   
2. 保留财务证据：整理完整的账目、收支记录、合同等，证明亏损原因及金额，避免纠纷。
   
3. 协商优先：通过友好协商调整分担比例或补偿方案，降低诉讼成本。
   
4. 法律程序：若协商无果，可向法院起诉或申请仲裁，需注意诉讼时效（通常为3年）。
   

示例：
假设三人合股餐饮店亏损50万元，出资比例为A:40%、B:30%、C:30%，且协议未约定亏损分担。则：

• 默认按出资比例分担：A承担20万、B承担15万、C承担15万；
  
• 若C因管理失职导致亏损扩大，A、B可要求C额外承担部分损失（需举证）。
  

如有具体协议或纠纷细节，可进一步向我咨询，我会结合证据和法律条款为您详细分析。