车库买卖合同协议书付款时应当开具发票，这是卖方的法定义务。以下从不同角度进行详细分析：

1. 从税务法规角度
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。车库买卖属于不动产交易范畴，卖方作为收款方必须依法开具发票，否则可能面临税务机关的行政处罚（如罚款）。若卖方拒开发票，买方可向当地税务机关举报，税务机关将依法查处。

2. 从合同履行角度
   发票是证明交易合法性的重要凭证，也是买方办理产权过户、缴纳契税等手续的必要材料。若卖方未开具发票，可能导致买方无法完成产权登记或面临额外税费风险。根据《民法典》第五百九十九条，出卖人应当按照约定或者交易习惯向买受人交付提取标的物单证以外的有关单证和资料（包括发票），否则构成违约，买方有权要求卖方履行义务或赔偿损失。

3. 从风险防范角度
   发票具有证明交易金额、交易时间等关键信息的作用，是买方维护自身权益的重要依据。若交易后出现纠纷（如质量争议、价款争议），发票可作为关键证据支持买方主张。此外，若卖方未开具发票，可能存在偷逃税费的嫌疑，买方若知情仍接受，可能被牵连承担连带责任。

实务建议：

• 买方应在合同中明确约定卖方开具发票的义务（包括时间、发票类型等），并约定违约责任（如逾期开票的违约金）。
  
• 付款时建议通过银行转账等可留痕方式支付，并备注“车库购房款”，避免现金交易导致举证困难。
  
• 若卖方拒开发票，买方可先书面催告，仍不履行的可向法院起诉要求开票或赔偿损失，同时向税务机关举报。
  

如有其他细节需要进一步分析（如合同条款设计、税务筹划等），可直接向我咨询。