关于对外承包工程项下外派人员的非法外派认定及处罚部门的问题，结论如下：

1. 认定部门：

   • 商务主管部门：根据《对外承包工程管理条例》及相关规定，商务主管部门是负责对外承包工程业务的主管部门，对于外派人员的合法性、合规性进行监管。在发现非法外派行为时，商务主管部门有权进行调查和认定。
   • 人力资源和社会保障部门：虽然人力资源和社会保障部门主要负责劳动保障监察，但在涉及外派劳务人员权益保护方面，如工资支付、社会保险等，该部门也可能参与相关调查和认定工作，特别是在涉及劳动权益侵害的情况下。不过，就非法外派的认定而言，主要还是由商务主管部门负责。

2. 处罚文件及依据：

   • 主要法规：《对外承包工程管理条例》是规范对外承包工程业务的主要法规，其中明确规定了对外承包工程单位在外派人员方面的义务和责任，以及非法外派的处罚措施。
   • 处罚措施：根据《对外承包工程管理条例》及相关规定，对于非法外派行为，商务主管部门可以采取警告、罚款、没收违法所得、责令停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等处罚措施。具体处罚措施根据违法行为的严重程度和后果来确定。
   • 联合处罚：在涉及严重违法行为或造成重大社会影响的情况下，商务主管部门还可能与其他相关部门（如公安、工商等）进行联合处罚，以形成有效的监管合力。

3. 实际操作建议：

   • 合规经营：对外承包工程单位应严格遵守相关法律法规，确保外派人员的合法性和合规性，避免非法外派行为的发生。
   • 及时咨询：如果对外派人员的合法性、合规性存在疑问或需要进一步的法律指导，建议及时咨询商务主管部门或专业律师，以确保经营活动的合法性和稳健性。
   • 积极应对：如果面临非法外派的认定或处罚，对外承包工程单位应积极配合相关部门的调查和处理工作，及时提供相关证据和资料，以维护自身的合法权益。

总结来说，对外承包工程项下外派人员的非法外派主要由商务主管部门负责认定，并依据《对外承包工程管理条例》及相关规定进行处罚。在实际操作中，对外承包工程单位应严格遵守相关法律法规，确保外派人员的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。