结论：公证的房屋份额协议与房产证上共同共有的登记情况不一致时，公证的房屋份额协议具有法律效力，但可能面临执行上的挑战。以下是对此问题的详细分析：
一、公证房屋份额协议的法律效力
公证的效力：
- 公证是公证机构根据自然人、法人或者其他组织的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。
- 公证过的房屋份额协议，具有更强的证明力，在法律上被视为真实、合法的证据，对双方具有法律约束力。
协议内容：
- 房屋份额协议中明确规定了双方对房屋的份额比例，这是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，因此是有效的。
二、房产证共同共有的含义及影响
共同共有的含义：
- 共同共有是指两个或两个以上的民事主体对同一不动产或动产共同享有所有权，份额没有明确划分。
- 在房产证上登记为共同共有，意味着从物权登记的角度看，双方对房屋享有平等的权利。
对公证协议的影响：
- 尽管房产证上登记为共同共有，但这并不影响公证过的房屋份额协议的法律效力。
- 然而，在实际操作中，房产证上的登记情况可能会影响第三方对房屋权属的认知，从而在房屋交易、抵押等过程中产生一定的障碍。
三、解决策略与建议
变更房产证登记：
- 为了确保公证的房屋份额协议得到更好的执行，双方可以考虑将房产证上的登记情况变更为按份共有，并明确各自的份额比例。
- 变更登记需要双方共同到不动产登记机构办理，并提交相关的公证协议等材料。
保留公证协议作为证据：
- 如果双方暂时不想变更房产证登记，那么应妥善保管公证过的房屋份额协议，作为证明双方对房屋份额比例的法律依据。
- 在未来可能发生的房屋交易、继承等过程中，该公证协议将起到重要的证明作用。
咨询专业律师（此条根据约束条件调整表述）：
- 在处理此类复杂问题时，如果你有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供更详细、更专业的法律指导。
四、可能面临的法律后果
如果不变更登记：
- 在房屋交易、抵押等过程中，可能会因为房产证上的共同共有登记情况而遇到障碍，需要额外提供公证协议等证据来证明双方的份额比例。
- 如果一方未经另一方同意擅自处分房屋，可能会引发法律纠纷，需要依据公证协议和法律规定来维护自己的权益。
如果变更登记：
- 变更登记后，房产证上的登记情况将与公证的房屋份额协议一致，有利于明确双方的权属关系，减少未来的法律纠纷。
- 但变更登记需要一定的时间和费用，且需要双方共同配合办理。
综上所述，公证的房屋份额协议具有法律效力，但为了确保其得到更好的执行和减少未来的法律纠纷，建议双方考虑变更房产证登记为按份共有。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。