公证处公证房产份额后，私下另行分配份额的协议是否有效，需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议有效的情况
各方协商一致：
- 如果房产的所有共有人（即公证时涉及的各方）在公证后，又私下达成了一致意见，并签订了新的房产份额分配协议，且该协议是各方真实意愿的体现，没有欺诈、胁迫等情形，那么这份新的协议通常是有效的。
- 建议：为了保障协议的法律效力，最好将新的协议也进行公证，或者去办理房产登记变更手续，这样更能确保各方的权益。
存在合法事由调整份额：
- 如果在公证后，由于某些合法事由（如一方对房产的贡献增大、家庭情况变化等），各方协商一致需要调整房产份额，并签订了相应的协议，那么这份协议也是有效的。
- 关键点：调整份额的事由必须合法、合理，且各方均同意。
二、协议可能无效或可撤销的情况
存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果在签订私下另行分配份额的协议时，存在欺诈、胁迫等情形，导致一方违背真实意愿签订了协议，那么这份协议可能是无效的或可撤销的。
- 法律依据：根据相关法律规定，以欺诈、胁迫手段订立的合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销。
内容违反法律法规或公序良俗：
- 如果私下另行分配份额的协议内容违反了法律法规的强制性规定，或者违背了公序良俗（如恶意逃避税收、损害第三人利益等），那么这份协议可能是无效的。
- 举例：协议中约定通过虚假交易逃避税收，这种协议就是无效的。
未经共有人同意擅自处分：
- 如果房产是共有的，而某一共有人未经其他共有人同意，擅自与他人签订私下分配份额的协议，那么这份协议对其他共有人是不产生效力的。
- 关键点：共有房产的处分需要全体共有人同意。
三、实际操作中的建议
保持协议形式与内容的合法性：
- 在签订私下另行分配份额的协议时，务必确保协议的形式和内容都符合法律法规的要求，避免出现无效或可撤销的情形。
及时办理公证或登记变更手续：
- 为了保障协议的法律效力，建议及时将新的协议进行公证，或者去办理房产登记变更手续。这样更能确保各方的权益得到法律的保护。
咨询专业律师：
- 由于房产份额分配涉及复杂的法律关系和权益保护问题，建议在签订协议前咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。不过，您现在就可以直接向我咨询相关问题，我会为您提供专业的法律建议。
总结来说，公证处公证房产份额后，私下另行分配份额的协议是否有效，取决于协议是否满足各方真实意愿、内容是否合法合规等条件。在签订此类协议时，务必谨慎对待，并咨询专业律师的意见。