在起草转让公司合同时，主要应依据《中华人民共和国公司法》的相关规定，同时结合《中华人民共和国民法典》中关于合同的一般规定来撰写。以下是对这一问题的详细分析：

1. 《公司法》的核心地位：

   • 公司转让的特殊性：公司转让，尤其是股权转让或公司整体转让，涉及到公司结构、股东权益、公司资产和负债的转移等复杂问题，这些都需要依据《公司法》的具体规定来处理。
   • 具体条款应用：例如，《公司法》中关于股权转让的程序、优先购买权、股东会决议、公司章程修改等条款，都是起草转让公司合同时必须考虑的关键因素。

2. 《民法典》的补充作用：

   • 合同的一般原则：虽然《公司法》对公司转让有具体规定，但《民法典》中关于合同成立、效力、履行、变更和终止等一般原则，同样适用于转让公司合同。
   • 法律适用顺序：在起草合同时，应首先遵循《公司法》的特别规定，对于《公司法》未涉及或规定不明确的事项，再参照《民法典》的相关规定进行补充和完善。

3. 实际操作建议：

   • 明确合同主体：在合同中清晰界定转让方和受让方的身份，以及他们各自的权利和义务。
   • 详细描述转让内容：包括转让的股权比例、公司资产和负债的清单、转让价格及支付方式等。
   • 遵循法定程序：确保合同内容符合《公司法》规定的股权转让程序，如召开股东会、修改公司章程、办理工商变更登记等。
   • 考虑税务和财务问题：转让公司合同还可能涉及税务和财务方面的处理，如股权转让所得税的缴纳、公司财务报表的调整等，这些也需要在合同中予以明确。

4. 注意事项：

   • 避免法律冲突：在起草合同时，要确保合同内容不与《公司法》、《民法典》以及其他相关法律法规相冲突。
   • 寻求专业帮助：由于公司转让涉及的法律问题较为复杂，建议在起草合同前咨询专业律师，以确保合同的合法性和有效性。

总结来说，起草转让公司合同时，应主要依据《公司法》的相关规定，同时结合《民法典》中关于合同的一般规定来撰写。在操作过程中，要明确合同主体、详细描述转让内容、遵循法定程序，并考虑税务和财务问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。