结论：单位被撤销后，尚未履行的合同是否由上级主管部门继续履行，需根据具体情况判断，主要包括合同性质、撤销原因、上级主管部门是否承接原单位权利义务等因素。以下从不同角度详细分析：
一、合同性质与撤销原因的影响
合同性质：
- 如果合同是行政合同（如政府采购合同、国有土地使用权出让合同等），通常涉及公共利益，单位被撤销后，上级主管部门或相关政府部门可能会基于公共利益考虑，继续履行合同或采取其他补救措施。
- 如果合同是民事合同（如买卖合同、租赁合同等），则主要依据合同法和相关民事法律规定处理。单位被撤销后，合同是否继续履行需看上级主管部门是否承接了原单位的权利义务。
撤销原因：
- 如果单位因合并、分立等原因被撤销，根据《民法典》相关规定，合并或分立后的主体应承接原单位的权利义务，因此合同通常应由承接主体继续履行。
- 如果单位因解散、破产等原因被撤销，且没有合法承接主体，则合同可能面临终止或解除的风险。此时，需根据合同约定和法律规定处理合同终止或解除后的相关事宜，如赔偿损失等。
二、上级主管部门是否承接原单位权利义务
承接情况：
- 如果上级主管部门明确承接了原单位的权利义务，包括尚未履行的合同，则合同应由上级主管部门继续履行。
- 如果上级主管部门未承接原单位的权利义务，或仅承接了部分权利义务，则需根据具体情况判断合同是否继续履行。对于未承接的部分，合同可能面临终止或解除的风险。
法律后果：
- 如果上级主管部门继续履行合同，则需按照合同约定履行义务，否则可能承担违约责任。
- 如果合同终止或解除，且因上级主管部门或原单位的原因导致合同无法继续履行，则可能需承担赔偿损失等法律责任。
三、实际操作建议
审查合同：
- 首先审查合同条款，了解合同性质、双方权利义务、违约责任等约定。
- 特别注意合同中关于单位变更、撤销等情形的处理条款。
了解撤销原因：
- 了解单位被撤销的具体原因，如合并、分立、解散、破产等。
- 根据撤销原因判断合同是否可能继续履行或面临终止、解除的风险。
与上级主管部门沟通：
- 与上级主管部门沟通，了解其是否承接原单位的权利义务，包括尚未履行的合同。
- 如果上级主管部门愿意承接合同，则需签订书面协议明确双方权利义务。
寻求法律救济：
- 如果合同无法继续履行且因对方原因导致损失，可考虑通过法律途径寻求救济，如起诉要求赔偿损失等。
示例：假设某公司与某政府部门签订了一份政府采购合同，后该政府部门因机构改革被撤销。此时，如果机构改革后的新部门承接了原部门的权利义务，则合同应由新部门继续履行；如果新部门未承接原部门的权利义务，则合同可能面临终止或解除的风险，双方需根据合同约定和法律规定处理相关事宜。
进一步思考：在处理此类问题时，还需考虑合同履行过程中的实际情况，如已履行部分、未履行部分、双方已投入的资源等。这些因素都可能影响合同是否继续履行以及如何处理合同终止或解除后的相关事宜。因此，在具体操作中需综合考虑各种因素，谨慎处理。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。