如果行政调查中对方不回复，可以采取以下措施进行处理：

1. 再次催告与明确期限
   根据《行政处罚法》及相关程序规定，行政机关在调查过程中有权要求当事人配合。若对方未回复，首先应通过书面形式（如《调查询问通知书》《催告书》）再次催告，明确要求其在法定期限内（如7-15日）提交材料或接受询问，并告知逾期不配合的法律后果（如证据失效、行政处罚加重等）。此步骤既保留程序合法性，也为后续强制措施提供依据。

2. 依法采取强制措施
   若催告后仍无回应，行政机关可依据《行政强制法》采取以下措施：

   • 查封、扣押：对与违法行为直接相关的场所、设施或财物进行查封、扣押，强制获取证据（如财务账簿、合同文件等）；
     
   • 冻结存款、汇款：若涉及资金往来，可申请法院冻结当事人银行账户，防止证据灭失或财产转移；
     
   • 申请法院强制执行：对拒不履行行政机关作出的协助调查决定的，可向法院申请强制执行（如强制传唤当事人到指定地点接受询问）。
     注意：强制措施需严格遵循法定程序，避免侵犯当事人合法权益。

3. 推定不利事实并作出行政决定
   根据《行政处罚法》第37条，若当事人无正当理由拒不配合调查，行政机关可依据已掌握的证据，推定其存在违法行为，并直接作出行政处罚决定。例如，在环保调查中，企业拒不提供排污数据，环保部门可依据监测报告、证人证言等证据，直接认定其超标排放并处罚。
   关键点：推定需以“已掌握充分证据”为前提，避免主观臆断。

4. 追究拒不配合的法律责任
   若对方行为构成妨碍公务，可依据《治安管理处罚法》第50条，对其处警告或200元以下罚款；情节严重的（如暴力抗法），可处5-10日拘留并罚款。若涉及刑事犯罪（如毁灭证据、伪造证据），则移送司法机关追究刑事责任。

实务建议：

• 调查过程中应全程录音录像，固定对方拒不配合的证据；
  
• 书面催告需通过EMS邮寄并留存回执，证明已履行法定程序；
  
• 强制措施实施前需经行政机关负责人批准，并制作现场笔录；
  
• 若对方为企业，可同步向其上级主管部门或行业协会通报，施加行业压力。
  

如需进一步分析具体案件中的程序合法性或证据固定问题，可直接向我咨询。