应起诉实际承租人，但需结合合同签订主体、租金支付主体及实际使用情况综合判断责任主体。具体分析如下：

1. 合同相对性原则下的责任主体
   根据《民法典》第4百六十五条，合同仅对签订双方具有约束力。若租房合同由个人（如公司员工或法人代表）与公司签订，但合同中明确约定承租方为公司（如合同抬头、落款处加盖公司公章或法定代表人签字确认），则公司为实际承租人，应由公司承担租金支付义务。此时，即使租金由公司法人个人账户支付，亦可能被认定为代公司履行付款义务，不影响合同主体认定。

2. 租金支付主体与合同主体的关联性
   若合同由个人与公司签订，但未明确约定承租方为公司（如合同仅个人签字，未加盖公司公章），则需结合租金支付情况判断实际履行方：

   • 公司法人支付租金：若法人支付租金时备注“代公司支付”或公司事后追认（如出具书面说明），可认定公司为实际承租人，应起诉公司；
     
   • 无明确代付意思表示：若法人支付租金未备注用途，且公司未追认，可能被认定为个人承租，此时应起诉签订合同的个人。

3. 实际使用情况对责任认定的影响
   若房屋实际由公司使用（如公司员工入住、公司办公场所），可结合以下证据辅助证明公司为实际承租人：

   • 公司出具的《房屋使用说明》或《承租确认书》；
     
   • 物业费、水电费等由公司缴纳的凭证；
     
   • 公司员工出入房屋的监控记录或证人证言。
     此类证据可推翻合同形式主体，认定公司为实际承租人。

4. 特殊情形：表见代理的适用
   若个人以公司名义签订合同（如持有公司授权委托书、使用公司名义签订合同），且相对方（房东）有理由相信其有代理权（如公司曾通过该个人签订类似合同），可能构成表见代理。此时，即使个人无实际代理权，公司仍需承担合同责任，应起诉公司。

建议行动步骤：

1. 收集合同原件、租金支付凭证（如银行转账记录，需备注用途）、房屋使用证据（如物业费单据、员工出入记录）；
   
2. 向公司发送《催缴租金函》，要求公司确认承租关系并支付租金，保留送达证据；
   
3. 若公司拒绝确认或支付，以合同签订主体、租金支付主体及实际使用情况为证据，向法院起诉实际承租人（个人或公司）。
   

风险提示：若合同签订主体与实际履行主体不一致，且证据不足，可能导致诉讼对象错误，需谨慎处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询。