关于《劳动合同法》第四十七条中十二个月平均工资是否包含医疗期内工资的问题，结论是：通常不包含医疗期内的病假工资，但具体需结合实际情况和司法实践来判断。以下从不同角度为你详细分析：
相关规定层面
《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》：该意见第59条明确规定，职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。不过，此规定并未直接说明该工资是否计入12个月平均工资。
《企业职工带薪年休假实施办法》：虽然该办法主要规定的是未休年休假工资报酬的计算，但其中第十一条指出，计算未休年休假工资报酬的日工资收入按照职工本人的月工资除以月计薪天数（21.75天）进行折算，且月工资是指职工在用人单位支付其未休年休假工资报酬前12个月剔除加班工资后的月平均工资。这一规定一定程度上反映了在计算涉及劳动者权益补偿的工资基数时的一般原则，即不将特殊情况下的工资（如加班工资）纳入，可类比理解医疗期病假工资也不包含在内。不过，这一类比并非绝对，因为年休假工资报酬与经济补偿金的计算目的和背景存在差异。
计算目的层面
12个月平均工资在很多情况下是用于确定劳动者的经济补偿金、赔偿金等重要待遇的标准。这些待遇的目的是对劳动者在正常工作期间所做出的贡献进行合理补偿和保障。而病假工资是劳动者因身体原因无法正常工作时，用人单位基于人道主义和法律规定给予的一种基本生活保障，并非劳动者正常工作状态下的劳动报酬。如果将病假工资纳入12个月平均工资的计算范围，可能会导致计算结果不能真实反映劳动者正常工作的收入水平，从而影响经济补偿金等待遇的合理性和公平性。
实践情况层面
在司法实践中，多数法院在处理劳动争议案件时，对于12个月平均工资的计算，通常会排除医疗期病假工资等特殊时期的工资。例如，在一些案例中，劳动者在离职前12个月内有一段时间处于医疗期，领取了病假工资，法院在计算经济补偿金时，会剔除这段期间的病假工资，以劳动者正常工作期间的工资来计算12个月平均工资。
特殊情况说明
尽管通常情况下医疗期病假工资不计入12个月平均工资，但也存在一些特殊情况。比如，如果劳动者在医疗期内的工资收入并未显著低于其正常工作期间的工资水平，或者双方在劳动合同或集体合同中有特别约定，那么这些情况可能会影响12个月平均工资的计算。此外，不同地区的司法实践可能存在差异，具体还需结合当地的相关规定和司法实践来判断。
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