扣发基本工资发绩效是否合理，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从合法与不合法两种情形进行详细分析：
合法情形
制度合法合规且内容明确合理：
- 用人单位在制定绩效考核制度时，应遵守《劳动合同法》第四条的规定，经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。制度内容需明确、具体，且不与法律法规相抵触。例如，若制度中明确规定了基本工资与绩效工资的构成比例，以及绩效工资的发放条件和扣减规则，且这些规则合理、公正，那么扣发基本工资发绩效可能是合法的。
- 绩效考核的标准、流程、扣减工资的条件和幅度等应明确、具体且合理。考核指标应与员工的工作内容、岗位紧密相关，能客观反映工作表现和业绩。扣减工资的幅度应适中，避免过高导致员工权益受损。比如，销售岗位的绩效工资与销售额挂钩，未完成销售目标时按比例扣减绩效工资，这是合理的。
告知员工并考核过程公正透明：
- 用人单位应通过签订劳动合同、发放员工手册、组织培训等方式，确保劳动者充分了解绩效考核制度的内容。员工应对考核标准、流程、扣减规则等有清晰的认知。
- 考核应遵循公正、公平、公开的原则。考核结果应有充分的事实依据，并能向员工提供合理的解释和说明。考核过程应避免主观随意性、偏见、歧视等情况。例如，考核过程中有明确的评分标准和记录，且员工有权对考核结果提出异议并得到合理回应。
不合法情形
制度缺乏民主程序或标准不明确不合理：
- 若绩效考核制度的制定未经职工代表大会或全体职工讨论、协商等民主程序，则该制度可能不具有合法性。比如，公司单方面制定绩效考核制度，未征求员工意见，直接实施扣发基本工资发绩效的措施，这是不合法的。
- 考核标准模糊不清、难以量化，或与员工实际工作严重脱节。考核标准过高，员工无论如何努力都无法达到。例如，考核标准中未明确具体的工作目标和任务，只是笼统地要求“表现优秀”，这样的标准无法作为扣减工资的依据。
未履行告知义务或考核过程不公正：
- 用人单位未将绩效考核制度告知员工，或虽然告知但未提供充分的说明和解释。员工对考核标准、流程、扣减规则等一无所知，导致权益受损。
- 考核过程中存在主观随意性、偏见、歧视等情况。故意设置障碍使员工无法通过考核。比如，考核者因个人喜好或偏见对员工进行不公正的评价，导致员工绩效工资被不合理扣减。
应对措施
如果劳动者认为用人单位扣发基本工资发绩效不合理，可以采取以下措施维护自己的合法权益：
- 与用人单位协商沟通：要求用人单位说明扣减工资的依据和理由，尝试通过协商解决争议。
- 向劳动监察部门投诉：如协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：如投诉仍无法解决问题，劳动者可依法向劳动仲裁机构申请仲裁，通过法律途径维护自己的权益。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第四条：用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
综上所述，扣发基本工资发绩效的合理性取决于用人单位是否遵循了相关法律法规和原则。劳动者在遇到此类问题时，应了解自己的权益和义务，并采取适当的措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。