结论前置：贷款时已经归还的本金部分依然计息，这一做法是否合法，需根据贷款合同的具体约定以及相关法律法规来判断。一般情况下，若合同中有明确约定且该约定不违反法律法规的强制性规定，则已归还本金部分计息是合法的；若合同无此约定或约定违反法律法规，则该做法不合法。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同约定角度
合同有明确约定：
- 在贷款合同中，如果双方明确约定了即使本金部分已经归还，仍需对已归还部分计息，且该约定不违反法律法规的强制性规定（如不构成高利贷等），那么这种做法是合法的。因为合同是双方意思自治的体现，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，就应当受到法律保护。
合同无明确约定：
- 如果贷款合同中没有明确约定已归还本金部分仍需计息，那么贷款机构通常无权对已归还部分继续计息。因为按照一般的贷款交易习惯和法律规定，利息是基于未归还的本金部分计算的。
二、法律法规角度
合法情形：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，只要贷款合同中的利息约定不违反国家关于利率的限制性规定（如不超过一年期贷款市场报价利率的四倍），且双方自愿达成协议，那么已归还本金部分计息的做法就是合法的。
违法情形：
- 如果贷款合同中的利息约定违反了国家关于利率的限制性规定，构成了高利贷，那么即使合同中有约定已归还本金部分仍需计息，该约定也是无效的。因为高利贷是违法的，不受法律保护。
- 另外，如果贷款机构在贷款过程中存在欺诈、胁迫等违法行为，导致借款人被迫接受不合理的计息方式，那么这种计息方式也是违法的。
三、实际操作建议
审查贷款合同：
- 借款人在签订贷款合同时，应仔细审查合同中的利息计算条款，确保自己清楚了解并同意合同中的计息方式。
咨询专业人士：
- 如果对贷款合同中的计息方式有疑问或不确定是否合法，建议咨询专业的律师或金融顾问，以获取准确的法律意见和风险提示。
维护自身权益：
- 如果发现贷款机构存在违法计息行为，借款人应及时向相关部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
举例说明：假设某借款人向银行贷款10万元，年利率为10%，贷款期限为一年。如果合同中明确约定了即使借款人提前归还了部分本金，仍需对已归还部分按照原利率计息，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法就是合法的。但如果合同中没有此约定，或者约定违反了国家关于利率的限制性规定，那么银行就无权对已归还部分继续计息。
总结：贷款时已经归还的本金部分依然计息是否合法，需根据贷款合同的具体约定以及相关法律法规来判断。借款人在签订贷款合同时应仔细审查合同条款，并在有疑问时咨询专业人士以维护自身权益。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。