结论：贷款已经还了超出本金是否合法，需根据具体情况判断，关键在于利息及费用的计算是否符合法律规定。

详细分析：

1. 合法利息范围：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第六百八十条，借款的利率不得违反国家有关规定，禁止高利放贷。这意味着，如果贷款合同中约定的利率超过了法定上限，那么超出部分的利息是不受法律保护的。
   • 依据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二十五条，出借人请求借款人按照合同约定利率支付利息的，人民法院应予支持，但是双方约定的利率超过合同成立时一年期贷款市场报价利率四倍的除外。这一规定同样适用于银行贷款，尽管银行贷款可能受到更严格的监管，但利率上限的原则是一致的。

2. 超出本金的情况：

   • 如果贷款已经还了超出本金，这通常意味着除了本金外，借款人还支付了高额的利息或费用。在这种情况下，需要审查贷款合同中的利息及费用条款，确定是否存在违法高息或不合理费用。
   • 如果利息及费用的计算超过了法定上限，那么超出部分的还款可能被视为无效，借款人有权要求返还或调整。

3. 特殊情境下的处理：

   • 信用卡贷款：对于信用卡贷款，如果利息超过本金，根据《商业银行信用卡业务监督管理办法（2011年版）》第七十条，持卡人可以与发卡银行协商个性化分期还款协议，以减轻还款压力。
   • 滞纳金与违约金：如果贷款合同中约定了滞纳金或违约金，且这些费用与利息合计超过了法定上限，那么超出部分同样可能不受法律保护。

4. 法律建议：

   • 审查合同：首先，借款人应仔细审查贷款合同，了解利息及费用的计算方式和标准。
   • 协商调整：如果发现利息及费用过高，借款人可以与贷款机构协商调整还款计划或减免部分费用。
   • 法律途径：如果协商无果，借款人可以通过法律途径维护自己的合法权益，如向法院提起诉讼或向相关监管机构投诉。

示例说明：

假设借款人从银行贷款10万元，合同约定年利率为24%（超过了一年期贷款市场报价利率的四倍）。在还款过程中，借款人发现除了本金外，还支付了高额的利息，导致总还款额超过了本金的两倍。在这种情况下，借款人可以审查合同条款，发现利率超过了法定上限。随后，借款人可以与银行协商调整还款计划或减免部分利息。如果银行不同意调整，借款人可以向法院提起诉讼，要求确认超出法定上限的利息无效，并返还已支付的超额利息。

后续行动建议：

如果您面临贷款已经还了超出本金的情况，建议您首先审查贷款合同中的利息及费用条款，确定是否存在违法高息或不合理费用。如果存在此类问题，您可以与贷款机构协商调整还款计划或减免部分费用。如果协商无果，您可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。