结论：项目停工后，即便已经办理了结算，在特定情况下仍有可能抗辩未经过质量验收，但具体能否抗辩成功需视结算协议内容、双方约定及实际履行情况等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、结算协议与质量验收的关系
结算协议的独立性：结算协议通常是双方就已完成工程量的价款、支付方式等达成的合意。在一般情况下，结算协议的签订并不直接等同于对工程质量的认可或放弃质量验收的权利。因此，如果结算协议中并未明确包含对工程质量的确认或放弃质量验收的条款，那么承包方或发包方在结算后仍有可能以未经过质量验收为由提出抗辩。
结算协议中的质量条款：如果结算协议中明确约定了工程质量验收的标准、程序或结果，并且双方均已按照该约定履行，那么在此情况下，任何一方再以未经过质量验收为由提出抗辩，可能会因违反结算协议的约定而难以得到支持。
二、法律对质量验收的规定
法定质量验收程序：根据相关法律法规，建设工程在竣工后必须经过质量验收合格后方可交付使用。这是法律的强制性规定，旨在保障建设工程的质量和安全。因此，即使双方已经办理了结算，如果工程实际上并未经过质量验收或验收不合格，那么发包方仍有权拒绝支付剩余工程款或要求承包方承担修复、返工等责任。
抗辩权的行使：在结算后，如果一方发现工程存在质量问题且未经过质量验收，其有权依据相关法律法规和合同约定行使抗辩权。这种抗辩权可能表现为拒绝支付工程款、要求修复或返工、主张违约金或赔偿损失等。
三、实际履行情况的影响
实际使用情况：如果工程在结算后已经被发包方实际使用，且在使用过程中未出现明显的质量问题，那么这可能会成为承包方主张工程已经通过质量验收的有力证据。然而，这并不意味着发包方完全丧失了以未经过质量验收为由提出抗辩的权利，尤其是在工程存在隐蔽质量问题或发包方能够证明其使用行为并不构成对工程质量的认可时。
双方协商与妥协：在实际操作中，双方可能会就工程质量问题达成妥协或补充协议。例如，承包方可能同意承担一定的修复费用或提供一定期限的质保服务，以换取发包方对结算协议的认可。在这种情况下，双方的权利义务将受到新协议的约束，而原结算协议中关于质量验收的条款可能被视为已经得到履行或修改。
四、建议与风险提示
完善结算协议：为了避免结算后因质量验收问题产生纠纷，双方在签订结算协议时应尽可能明确工程质量验收的标准、程序、结果以及相应的法律责任。这有助于减少后续争议的发生，并保障双方的合法权益。
及时行使权利：如果一方发现工程存在质量问题且未经过质量验收，应及时向对方提出异议并行使相应的抗辩权。拖延时间可能会导致证据灭失或对方产生合理信赖，从而增加维权难度。
寻求专业帮助：在处理涉及建设工程质量验收和结算的纠纷时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案，帮助当事人更好地维护自己的合法权益。
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