工程长期停工且约定竣工验收后结算的，应首先依据合同条款进行，确保结算过程的合法性与合规性。针对这一情境，具体处理如下：

一. 依据合同条款进行结算

1. 详细审查合同条款：重点审查合同中关于竣工验收和结算的条款，明确双方的权利和义务，以及结算的具体时间、方式和程序。这包括验收的标准、流程，以及结算时需要考虑的因素，如已完工程量、工程质量、单价或计价方式等。

2. 遵循竣工验收流程：按照合同约定的竣工验收流程进行，确保工程符合验收标准。在验收过程中，双方应共同参与，对工程质量进行严格把关，并签署验收报告作为结算的依据。

3. 按照约定方式结算：在竣工验收合格后，根据合同约定的结算方式进行结算。这通常涉及对已完工程量的计量和计价，以及可能存在的停工期间费用的处理。

二. 处理停工期间费用

1. 查看合同约定：首先检查合同中是否有关于停工期间费用的明确约定。如果有，按照约定执行；如果没有，则需要双方进行协商。

2. 协商解决方案：对于合同未明确的停工期间费用，双方应基于公平、合理的原则进行协商，考虑行业惯例、工程实际情况等因素，寻求双方都能接受的解决方案。

三. 考虑不可抗力因素

1. 审查不可抗力条款：如果停工是由不可抗力因素导致的，应查看合同中是否有关于不可抗力的条款，并按照条款进行结算。

2. 评估影响程度：评估不可抗力对工程的影响程度，包括停工时间、费用增加等，以便在结算时合理考虑这些因素。

四. 法律途径与争议解决

1. 友好协商解决：在结算过程中，如果双方存在争议，应首先通过友好协商的方式解决。

2. 申请仲裁或提起诉讼：如果协商无果，可以根据合同中的争议解决条款选择申请仲裁或提起诉讼。在此过程中，应确保自身权益得到充分保障。

我建议在整个结算过程中，双方都应注重保留相关证据，如合同、验收报告、计价单、协商记录等，以备后续可能的法律程序之需。同时，如果遇到复杂的法律问题或争议无法解决，可以寻求专业律师的法律帮助。如有进一步需要，您可以继续咨询我。