实发工资低于医疗期最低工资标准一般不合法，但需分情况讨论，具体分析如下：

1. 医疗期工资支付原则
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第五条及《劳动部关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第五十九条，职工医疗期内企业应支付的病假工资或疾病救济费不得低于当地最低工资标准的80%，且不得低于企业平均工资的40%。若企业支付的实发工资低于该标准，则涉嫌违法。

2. 例外情形

   • 地方性法规优先：部分地区（如上海、广东）可能通过地方立法提高医疗期工资标准（如上海要求支付100%原工资）。若地方标准高于国家最低标准，企业需按地方标准执行。
     
   • 劳动合同或集体合同约定：若劳动合同或集体合同中约定的医疗期工资高于法定标准，企业应按约定支付；若低于法定标准，则约定无效，仍需按法定标准执行。
     
   • 企业规章制度合法性：企业规章制度中关于医疗期工资的规定需经民主程序制定且不违反法律强制性规定，否则无效。

3. 法律后果与救济途径

   • 行政责任：企业违法支付医疗期工资的，劳动行政部门可责令限期支付；逾期不支付的，加付赔偿金（《劳动合同法》第八十五条）。
     
   • 民事责任：劳动者可要求企业补足差额，并可能主张经济补偿金（如因此被迫解除劳动合同）。
     
   • 救济途径：劳动者可通过劳动监察投诉或申请劳动仲裁维护权益，需提供劳动合同、工资条、医疗证明等证据。

建议：若您遇到此类情况，可先核对当地最低工资标准及企业支付金额，确认是否低于法定比例；同时检查劳动合同、集体合同或企业规章制度中是否有更高标准约定。如有疑问，可直接向我咨询具体操作流程及证据收集要点。