结论：厂房门店没有房产证也可以进行租赁，但其合法性和潜在风险需根据具体情况谨慎评估。若厂房建设合法且其他手续齐全，租赁合同通常有效；若为违法建筑，则租赁合同无效，且存在多重法律风险。以下是对这一问题的详细分析：
一、可以租赁的情形及合法性分析
合法审批程序：
- 若厂房在建设时已取得了建设工程规划许可证等相关证件，仅因尚未办理房产证而出租，根据《最高人民法院关于审理城镇房屋租赁合同纠纷案件具体应用法律若干问题的解释》，此类租赁合同在一审法庭辩论终结前取得相关许可或批准的，应认定为有效。
- 举例：假设某厂房已取得建设工程规划许可证，但因历史原因尚未办理房产证，此时出租该厂房，只要在一审法庭辩论终结前补办相关手续，租赁合同即有效。
双方合意与明确告知：
- 在租赁过程中，出租人需向承租人明确说明厂房的产权状况，并在合同中详细记载，双方基于真实意思表示达成的租赁合同，同样具有法律效力。
- 举例：出租人在租赁合同中明确告知承租人厂房无房产证，但已取得建设工程规划许可证，承租人同意租赁，此时合同有效。
二、存在的法律风险及后果
合同效力风险：
- 若厂房为违法建筑，即未取得合法审批或违反规划建造，租赁合同将被认定无效。此时，承租人可能面临搬离厂房、无法追究出租人违约责任等后果，仅能要求返还已付租金并分担损失。
- 举例：某厂房未经批准擅自建设，出租人与承租人签订租赁合同后，因违法建筑被相关部门查处，租赁合同无效，承租人需搬离厂房。
权益保障风险：
- 产权不清晰或存在争议可能导致承租人在租赁期间遭受产权纠纷的困扰，甚至面临被迫搬离和经济损失的风险。
- 举例：某厂房存在产权争议，出租人与承租人签订租赁合同后，产权争议方要求承租人搬离，承租人因此遭受经济损失。
拆迁补偿风险：
- 无房产证的厂房在拆迁时，承租人可能因非产权人而无法获得拆迁补偿，造成经济损失。
- 举例：某厂房因城市规划需要拆迁，但因无房产证，承租人无法获得拆迁补偿，导致经济损失。
抵押风险：
- 出租人可能私下将厂房抵押，一旦无法履行债务，厂房被处置将严重影响承租人的使用权益。
- 举例：出租人将无房产证的厂房抵押给银行，后因无法偿还贷款，银行处置厂房，导致承租人无法继续使用厂房。
三、降低风险的建议与措施
严格审查证件：
- 承租人在租赁前应要求出租人提供完整的厂房建设审批文件，确保厂房建设的合法性。
详尽合同条款：
- 租赁合同中应明确双方的权利义务，特别是关于合同无效、产权纠纷、拆迁补偿、抵押等情况的处理方式，以充分保障承租人的合法权益。
实地调查核实：
- 承租人应进行实地调查，了解厂房的建设情况、历史使用记录及周边环境，并向当地政府部门、邻居等核实厂房是否存在违法建设或产权争议等问题。
法律咨询与见证：
- 在签订租赁合同前，建议承租人咨询专业律师（即我本人），对合同内容进行审查并提供法律见证，以确保合同的合法性和有效性。
综上所述，厂房门店没有房产证也可以进行租赁，但承租人需充分了解厂房的产权状况和法律风险，并采取相应措施降低风险，以保障自身的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。