精神疾病被停职是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、医疗期内的保护
医疗期规定：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患精神疾病需要停止工作接受医疗时，根据其工作年限，享有3至24个月的医疗期。
医疗期内的保护：
- 在医疗期内，用人单位一般不得解除劳动合同。这是法律对员工健康和人权的尊重，也是保障员工在患病期间能够安心治疗、恢复健康的重要措施。
- 若用人单位在医疗期内停职或辞退员工，通常被视为不合法行为。员工有权要求继续履行劳动合同或获得相应的经济补偿。
二、医疗期满后的处理
能胜任工作的情况：
- 若员工医疗期满后能从事原工作或用人单位另行安排的工作，则劳动合同继续有效，用人单位不得停职或辞退。
不能胜任工作的情况：
- 若员工医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位可以提前三十日以书面形式通知或额外支付一个月工资后解除劳动合同，并需支付经济补偿金。
- 在这种情况下，停职或辞退的合法性取决于用人单位是否遵循了法定程序，并支付了相应的经济补偿。
三、特殊情况下的处理
安全威胁：
- 若员工的精神疾病对其他员工或工作场所安全构成严重威胁，且无法通过调整工作岗位等方式解决，用人单位在履行法定程序（如事先通知工会）后，可考虑停职或解除劳动合同。
- 但这种情况下，用人单位需确保有充分的证据证明员工的精神疾病确实对安全构成了威胁，并遵循了法定程序。
严重违规：
- 若员工因精神疾病在工作中严重违反用人单位规章制度、严重失职、营私舞弊等，用人单位可依据《劳动合同法》相关规定即时解除劳动合同，无需支付经济补偿。
- 但同样，用人单位需确保有充分的证据证明员工的违规行为与精神疾病直接相关，且违规行为严重到足以解除劳动合同的程度。
隐瞒病情：
- 若员工明知自己有精神疾病却隐瞒不报，或在用人单位明确要求告知精神病史时仍隐瞒，构成欺诈的，用人单位可依法解除劳动合同。
- 在这种情况下，停职或辞退的合法性取决于员工是否故意隐瞒病情，以及用人单位的招聘条件和辞退程序是否合法。
四、法律建议
对于员工：
- 若您因精神疾病被停职或辞退，且认为用人单位的行为不合法，可通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自身权益。
- 在此过程中，建议您保留好相关证据，如医疗证明、劳动合同、工资单等，以便在需要时提供证明。
对于用人单位：
- 在处理员工精神疾病与停职、辞退问题时，应谨慎行事，严格遵守法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。
- 建议用人单位在遇到此类情况时，及时咨询专业法律意见，以确保处理的合法性和合规性。同时，也应关注员工的身心健康，提供必要的支持和帮助。
总结：精神疾病被停职是否合法，需根据具体情况来判断。在处理此类问题时，应充分考虑员工的医疗期状况、工作能力、岗位适应性以及用人单位的规章制度等多方面因素，并确保遵循法定程序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。