结论：请假几天扣除上班时做的手工费是否合理，需根据具体情况判断，包括公司规章制度、劳动合同约定以及请假性质等。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同约定
公司规章制度：
- 如果公司规章制度中明确规定了请假期间扣除手工费或其他相关费用的条款，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照规章制度执行是合理的。
- 但如果公司规章制度中没有相关规定，或者规定不明确，那么公司擅自扣除手工费可能缺乏依据。
劳动合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了请假期间工资或手工费的支付方式，那么双方应按照合同约定执行。
- 如果劳动合同中没有相关约定，或者约定不明确，那么公司扣除手工费可能构成违约行为。
二、请假性质与工资支付
带薪年休假、婚丧假等：
- 根据《劳动法》和《职工带薪年休假条例》等相关规定，劳动者在带薪年休假、婚丧假等期间，用人单位应按照劳动合同规定的标准支付工资。因此，如果请假属于这些范畴，公司扣除手工费是不合理的。
事假：
- 事假通常是无薪的，即劳动者在事假期间不享受工资待遇。但这里讨论的是扣除“上班时做的手工费”，而非基本工资。如果手工费是劳动者正常工作时的额外报酬，且公司规章制度或劳动合同中没有规定事假期间扣除手工费，那么公司扣除可能不合理。
- 如果公司能够证明手工费与特定工作任务或项目直接相关，且劳动者在事假期间未参与相关工作，那么公司可能有权根据实际情况调整或扣除部分手工费。但这种情况需要具体分析，且公司应承担举证责任。
病假：
- 病假期间，劳动者通常享受病假工资或疾病救济费。根据相关规定，病假工资不得低于当地最低工资标准的80%。如果公司扣除的手工费导致劳动者实际收入低于这一标准，那么公司扣除是不合理的。
三、法律建议与后续行动
审查公司规章制度和劳动合同：
- 劳动者应首先审查公司规章制度和劳动合同中关于请假期间工资或手工费支付的相关规定，以确定公司扣除行为是否合法合规。
与公司协商：
- 如果认为公司扣除手工费不合理，劳动者可以与公司进行协商，要求公司说明扣除依据并恢复合理支付。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，劳动者需要提供相关证据证明公司扣除行为的不合理性。
总结：请假几天扣除上班时做的手工费是否合理，需根据具体情况判断。劳动者应首先审查公司规章制度和劳动合同中的相关规定，然后与公司进行协商。如果协商无果，可以申请劳动仲裁维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。