核心结论：癌症患者休假3年后公司关门，赔偿问题需分情况讨论，主要取决于公司是否依法进行清算、是否为员工缴纳社保及公积金、是否签订合法劳动合同等因素。以下是具体分析：

1. 公司依法清算并注销的情况
   若公司因经营不善依法进入清算程序，并最终注销登记，根据《劳动合同法》第四十四条及第四十六条，公司需向员工支付经济补偿金。经济补偿金的标准为：按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资。

   • 关键点：
     
     • 工资基数以员工离职前12个月的平均工资为准（若低于当地最低工资标准，按最低工资计算）；
       
     • 若公司未依法缴纳社保或公积金，员工可要求公司补缴或向社保部门投诉；
       
     • 若公司未提前30日通知员工清算事宜，可能需额外支付一个月工资作为代通知金（但法律未强制要求，需结合地方规定）。

2. 公司未依法清算或“跑路”的情况
   若公司未依法清算即注销，或直接“跑路”导致员工无法主张权利，员工可采取以下措施：

   • 向股东追责：根据《公司法》及相关司法解释，若公司未清算即注销，股东可能需对公司债务承担连带责任；
     
   • 申请劳动仲裁：以公司为被申请人，要求支付经济补偿金、未缴社保的损失等；
     
   • 向法院申请强制执行：若仲裁或判决生效后公司仍不履行，可申请法院强制执行其名下财产（如银行账户、房产等）。
     
   • 特殊情形：若公司已进入破产程序，员工需向破产管理人申报债权，按《企业破产法》规定的顺序参与分配。

3. 员工患病期间的特殊保护
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因癌症休假属于医疗期范畴，公司不得随意解除劳动合同。若公司在医疗期内解除合同，需支付双倍经济补偿金（即违法解除赔偿金）。但若医疗期已满（通常为24个月，特殊疾病可适当延长），且员工仍无法从事原工作或公司安排的其他工作，公司可依法解除合同，但仍需支付经济补偿金。

   • 关键点：
     
     • 医疗期长度需结合员工工龄及地方规定确定；
       
     • 若公司未支付医疗期工资（通常为当地最低工资的80%），员工可要求补发。

4. 社保与公积金的补缴问题
   无论公司是否清算，员工均有权要求公司补缴在职期间的社保及公积金。若公司拒绝，可向当地社保局、公积金管理中心投诉，或通过劳动仲裁、诉讼解决。

建议行动步骤：

1. 收集证据：劳动合同、工资条、病假证明、公司注销或清算通知等；
   
2. 联系公司或清算组：要求依法支付经济补偿金及补缴社保；
   
3. 申请劳动仲裁：若协商无果，向公司所在地劳动仲裁委提交仲裁申请；
   
4. 咨询专业律师：若涉及复杂法律程序（如破产、股东追责），建议委托律师协助处理。
   

如有其他细节需进一步分析（如公司性质、员工工龄等），可直接向我咨询。