申请撤销劳动仲裁裁决，确实是通过民事诉讼程序进行的，但具体适用的是劳动争议诉讼中的特别程序，而非普通的民事诉讼程序。以下从几个方面为你详细解释：

1. 法律依据与程序性质：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第四十九条的规定，用人单位在特定条件下（如裁决适用法律、法规确有错误，劳动争议仲裁委员会无管辖权，违反法定程序，裁决所根据的证据是伪造的，对方当事人隐瞒了足以影响公正裁决的证据，或者仲裁员在仲裁该案时有索贿受贿、徇私舞弊、枉法裁决行为）可以向劳动争议仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销裁决。
   • 这一程序虽然是在法院进行，但它属于劳动争议诉讼的特别程序，旨在纠正劳动仲裁中可能存在的错误，保障当事人的合法权益。

2. 与普通民事诉讼的区别：

   • 目的不同：普通民事诉讼旨在解决平等主体之间的财产和人身关系纠纷，而申请撤销劳动仲裁裁决则是为了纠正劳动仲裁中的错误裁决。
   • 程序启动：普通民事诉讼可以由任何一方当事人提起，而申请撤销劳动仲裁裁决只能由用人单位在特定条件下提起。
   • 审理范围：普通民事诉讼的审理范围广泛，涉及案件的所有事实和法律问题，而申请撤销劳动仲裁裁决的审理范围则限于仲裁裁决是否存在法定撤销情形。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 时效限制：用人单位应当自收到仲裁裁决书之日起三十日内向中级人民法院提出申请，逾期将丧失申请撤销的权利。
   • 证据准备：用人单位在申请撤销裁决时，需要提供充分的证据证明仲裁裁决存在法定撤销情形，否则法院将不予支持。
   • 法律后果：如果法院裁定撤销仲裁裁决，当事人可以自收到裁定书之日起十五日内就该劳动争议事项向人民法院提起诉讼，重新进入诉讼程序解决争议。

4. 建议与指导：

   • 如果你作为用人单位认为劳动仲裁裁决存在错误，想要申请撤销裁决，建议首先仔细研究《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第四十九条的规定，确认是否存在法定撤销情形。
   • 其次，及时收集并整理相关证据，确保在申请撤销时能够提供充分的证明材料。
   • 最后，建议在专业律师的指导下进行申请撤销裁决的操作，以确保程序的合法性和有效性。

希望以上解释能够帮助你更好地理解申请撤销劳动仲裁裁决的程序和性质。如果你有任何进一步的法律问题或需要更具体的指导，请随时向我咨询。