建设单位起诉施工单位项目负责人是否有效，需根据具体案情和法律关系来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、项目负责人的法律地位与责任
职务行为与个人行为：
- 如果项目负责人在执行职务过程中，因故意或重大过失给建设单位造成损失，且该行为超出其职务权限或违反公司规章制度，建设单位可能有权直接起诉项目负责人个人，要求其承担赔偿责任。但这种情况较为特殊，通常需要证明项目负责人的行为构成个人侵权或故意违反合同义务。
- 一般情况下，项目负责人作为施工单位的代表，其职务行为产生的法律后果应由施工单位承担。因此，建设单位更可能起诉施工单位，而非项目负责人个人。
合同相对性原则：
- 根据合同相对性原则，合同关系只能发生在特定的主体之间，只有合同当事人一方能够向合同的另一方当事人基于合同提出请求或提起诉讼。如果建设单位与施工单位之间签订了施工合同，而项目负责人并非合同当事人，则建设单位通常不能直接起诉项目负责人，除非合同中有特别约定或法律另有规定。
二、可能的有效起诉情形
项目负责人个人担保或承诺：
- 如果项目负责人在合同履行过程中，以个人名义向建设单位提供了担保或作出了承诺，且该担保或承诺具有法律效力，那么建设单位在符合条件的情况下，可以起诉项目负责人个人要求其履行担保责任或承诺义务。
项目负责人构成犯罪：
- 如果项目负责人在执行职务过程中涉嫌犯罪，如贪污、受贿、挪用资金等，建设单位可以向公安机关报案，并可能通过刑事附带民事诉讼的方式要求项目负责人承担赔偿责任。但这种情况已经超出了普通民事诉讼的范畴。
法律特别规定：
- 在某些特定情况下，法律可能规定项目负责人需对特定行为承担个人责任。例如，如果项目负责人违反了建筑法、安全生产法等相关法律法规的规定，且该行为直接导致了建设单位的损失，建设单位可能有权根据法律规定起诉项目负责人个人。
三、法律建议
审查合同与证据：
- 建设单位在考虑起诉前，应仔细审查与施工单位签订的合同以及相关证据材料，明确项目负责人的法律地位和责任范围。
咨询专业律师：
- 由于法律关系的复杂性，建议建设单位在起诉前咨询专业律师，对案情进行全面评估和分析，以确定最合适的诉讼策略和被告选择。当然，如果你有相关问题，也可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况给出专业的法律意见。
考虑诉讼成本与风险：
- 起诉项目负责人个人可能面临诉讼成本较高、执行难度较大等风险。因此，建设单位在决定起诉前应充分考虑这些因素，并权衡利弊得失。
综上所述，建设单位起诉施工单位项目负责人是否有效取决于具体案情和法律关系。在大多数情况下，建设单位更可能起诉施工单位而非项目负责人个人。但如果存在项目负责人个人担保、承诺或构成犯罪等特殊情况，建设单位可能有权直接起诉项目负责人个人。