当劳动主体发生合并时，处理方式主要依据相关法律法规来确定，以下是一些关键点和详细解释：

首先，根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十四条的规定，当用人单位发生合并或者分立等情况时，原劳动合同是继续有效的。这意味着，合并后的新用人单位需要继续履行原劳动合同中的各项条款和条件，包括但不限于工资、福利、工作地点、工作时间等。

其次，从权利和义务的角度来看，《中华人民共和国民法典》第六十七条明确指出，法人合并的，其权利和义务由合并后的法人享有和承担。这进一步确认了合并后新用人单位需要承继原用人单位的所有劳动相关权利和义务。

再来看公司合并时的债权债务处理，新修订的《中华人民共和国公司法》也对此有明确规定。公司合并时，合并各方的债权、债务应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。这一规定同样适用于劳动关系的处理，即合并后的公司需要承继原公司的所有劳动债权和债务。

具体到劳动争议仲裁申请，如果员工因为合并后的劳动关系问题需要提出仲裁申请，那么被申请人应当是合并后的公司。因为合并后的公司是承继了原公司劳动权利和义务的法人实体。

另外，关于经济补偿年限的计算，如果新用人单位在合并后解除劳动合同，那么劳动者在原用人单位的工作年限应当合并计算为新用人单位的工作年限。这是为了保护劳动者的合法权益，确保他们在合并过程中不会因为工作年限的重新计算而遭受损失。当然，如果原用人单位已经向劳动者支付了经济补偿，那么新用人单位在依法解除、终止劳动合同计算支付经济补偿的工作年限时，就不再计算劳动者在原用人单位的工作年限。

综上所述，劳动主体合并后，原劳动合同继续有效，由合并后的用人单位继续履行；劳动争议仲裁申请应以合并后的公司为被申请人；经济补偿年限应合并计算，除非原用人单位已经支付过经济补偿。希望这些解释能帮助您更好地理解劳动主体合并后的处理方式。