当公司侵害了员工的软件著作权时，员工应当依法采取一系列措施来维护自己的合法权益。以下是一个详细且深入的解答，希望能为您提供清晰的指导：
一、法律依据与侵权认定
首先，根据《中华人民共和国著作权法》的相关规定，著作权人（即员工）发现其著作权被侵权时，有权要求侵权行为人（即公司）承担停止侵权、消除影响、赔偿损失等法律责任。员工需要明确，自己作为软件的创作者，享有著作权法所赋予的各项权利，包括复制权、发行权、出租权、展览权、表演权、放映权、广播权、信息网络传播权等。
二、确定侵权事实与收集证据
在发现公司可能侵害其著作权时，员工应首先确定侵权事实，并积极收集证据。这包括：
- 收集侵权证据：如公司使用软件的相关文件、宣传资料、网页截图、产品实物等，这些都能证明公司未经许可使用了员工享有著作权的软件。
- 证明著作权归属：员工应准备好创作手稿、创作过程中的讨论记录、初稿版本等证据，以证明软件的创作时间、创作人等关键信息，从而确立自己的著作权归属。
三、应对措施
一旦确定了侵权事实并收集了足够证据，员工可以采取以下措施来维护自己的权益：
与公司协商：
- 发送书面通知：明确指出公司的侵权行为，并要求停止侵权及提出赔偿要求。通知应通过正式方式送达，并保留送达凭证，如邮件回执、快递单号等。
- 协商会议：安排与公司相关负责人的面对面会议，清晰阐述自己的诉求和依据，争取通过友好协商解决问题。
寻求第三方调解：
- 著作权行政管理部门：向当地著作权行政管理部门（如国家版权局或各地版权局）申请调解，这些部门具有专业的调解能力和权威性。
- 行业协会：相关行业协会（如软件行业协会等）也可作为调解方介入，提供中立的调解服务。
申请仲裁（若有仲裁协议）：
- 根据《中华人民共和国著作权法》第五十四条，如果双方之前有书面仲裁协议或合同中的仲裁条款，可以向仲裁机构申请仲裁。仲裁裁决具有法律效力，且通常比诉讼程序更为快捷。
提起诉讼：
- 选择管辖法院：一般由侵权行为地或被告住所地的中级人民法院或知识产权法院管辖。
- 诉讼请求：在诉讼中，员工可以提出停止侵权、消除影响、赔礼道歉、赔偿经济损失等诉讼请求。赔偿数额通常按实际损失或公司获利确定，难以确定时可由法院判决法定数额的赔偿。
四、员工与公司的责任与义务
- 员工责任与义务：员工若知晓公司侵权而未制止，可能被视为共同侵权人。因此，员工应及时报告或采取合理措施阻止侵权，以减轻或免除自己的责任。
- 公司责任与义务：公司应加强员工法律教育，提高知识产权意识。当侵犯员工著作权时，公司应承担相应法律责任，包括停止侵权、赔偿损失、消除影响等。
五、专业咨询与建议
如果员工对法律程序和相关法律规定不熟悉，建议咨询专业的知识产权律师。律师可以提供更准确和有效的帮助，包括评估侵权情况、制定维权策略、代理诉讼或仲裁等。
综上所述，当公司侵害员工的软件著作权时，员工应依法采取多种措施来维护自身权益。同时，公司和员工都应增强法律意识，明确各自责任与义务，共同营造尊重和保护著作权的良好环境。